Một lý thuyết về chi phí của cơ cấu vốn phát sinh từ mối quan hệ giữa người chủ và nhân viên do Jensen và Meckling đề xuất vào năm 1976 là lý thuyết Chi phí đại diện (Agency Costs Theory). Theo đó, học thuyết giải thích mối quan hệ người người chủ có thể hiểu là các cổ đông, và người làm có thể được hiểu là ban điều hành của công ty hoặc ban giám đốc. Trong mối quan hệ này, người chủ cử ra đại diện hoặc thuê người làm thực hiện các công việc điều hành doanh nghiệp. Lý thuyết này đảm bảo giải quyết mâu thuẫn rắc rối điển hình thường gặp là mục tiêu của cổ đông và người quản lý. Nhằm mục tiêu điều hòa lợi ích các bên liên quan, việc tài trợ bằng nợ có thể được sử dụng để hòa giải xung đột lợi ích tồn tại một mặt giữa các cổ đông và người quản lý và mặt khác xoa dịu xung đột giữa cổ đông và trái chủ (chủ nợ). Jensen và Meckling (1976) và Jensen và Ruback (1983) cho rằng, các nhà quản lý không phải lúc nào cũng theo đuổi lợi ích của cổ đông. Khi người quản lý công ty không sở hữu cổ phiếu hoặc sở hữu không đáng kể cổ phiếu của công ty thì họ thường không cố gắng làm gia tăng lợi ích của cổ đông, cụ thể là làm gia tăng giá trị cổ phiếu. Mà ngược lại, họ sẵn sàng đeo đuổi những phương án kinh doanh, đầu tư, chi tiêu không mang đến hiệu quả cao nhất, hay thậm chí không hiệu quả nếu các phương án, chi tiêu này là có lợi cho người điều hành về lợi ích vật chất. Để giảm thiểu vấn đề này, tỷ lệ đòn bẩy sẽ tăng lên (Pinegar và Wilbricht, 1989). Điều này sẽ buộc các nhà điều hành công ty đầu tư vào các dự án có khả năng cao sẽ mang lại lợi ích cho các cổ đông. Nếu họ quyết định đầu tư vào các dự
án không hiệu quả hoặc đầu tư và không có khả năng trả lãi vay, thì các chủ nợ của công ty sẽ yêu cầu nộp đơn xin phá sản và họ có khả năng bị mất việc làm. Đó là dẫn chứng cho sự vận dụng của lý thuyết chi phí đại diện, qua đó các công ty sẽ bảo vệ tốt hơn lợi ích của các cổ đông vì nợ có thể được sử dụng nhằm mục tiêu kiểm soát hành vi quản lý của người điều hành (Boodhoo, 2009). Do đó, tỷ lệ đòn bẩy sử dụng nợ cao hơn dự kiến sẽ giảm chi phí đại diện, gia tăng hiệu quả quản lý doanh nghiệp và do đó nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty (Jensen 1986, Koehhar 1996, Aghion, Dewatnipont và Rey, 1999).