3.3.3.1. Nguyên nhân khách quan
Thứ nhất, danh mục phí, lệ phí chƣa hợp lý nhƣ có khoản phí không phát sinh hoặc trùng lặp. Tuy nhiên, việc sửa danh mục phí, lệ phí theo quy định phải do Ủy ban thƣờng vụ Quốc hội xem xét trình Quốc hội sửa đổi Luật phí, lệ phí. Việc sửa đổi Luật phí, lệ phí phải qua quy trình rà soát, đánh giá mới đƣợc xem xét để đƣa vào sửa đổi.
Thứ hai, thẩm quyền quy định nội dung chi và miễn, giảm phí, lệ phí đều thuộc thẩm quyền của Thủ tƣớng Chính phủ quyết định.
Thứ ba, do tình hình thu phí phụ thuộc vào các đối tƣợng khách hàng là tổ chức, cá nhân b n ngoài; không đánh giá đƣợc nhu cầu thực sự của khách hàng làm cơ sở lập kế hoạch; thực tế thông thƣờng nhu cầu của khách hàng vào dịp cuối năm khi đó qua đợt điều chỉnh kế hoạch, dự toán đợt cuối nên các đơn vị thu phí và Bộ cũng không chủ động đƣợc điều chỉnh số thu phí dẫn đến vƣợt dự toán giao.
Thứ tƣ, cơ chế tài chính chƣa đồng bộ và thiếu thống nhất giữa các cơ quan quản lý nhà nƣớc và đơn vị sự nghiệp công lập.
3.3.3.2. Nguyên nhân chủ quan
Thứ nhất, năng lực của cán bộ nhân viên trong việc quản lý thu chi phí, lệ phí tại Bộ Tài nguy n và Môi trƣờng còn nhiều hạn chế.
Thứ hai do Bộ giao chức năng, nhiệm thu thu phí, lệ phí cho các cơ quan nhà nƣớc, đơn vị sự nghiệp công lập cùng loại phí dẫn đến cùng nhiệm vụ thu phí nhƣng cơ chế tài chính đƣợc hƣởng khác nhau dẫn đến mâu thuẫn và chênh lệch trong việc quyết toán và chi trả thu nhập cho CBVC.
Thứ ba, do Bộ chƣa quyết liệt rà soát; đánh giá tình hình thực hiện thu chi phí, lệ phí; phù hợp Đề án thu phí so với thực tế. Số dƣ chuyển năm sau từ tiền phí hàng năm tăng dần nhƣng Bộ chƣa có phƣơng án đánh giá, đề xuất để điều chỉnh tỷ lệ thu phí đƣợc để lại làm căn cứ Bộ Tài chính sửa đổi Thông tƣ. Thứ tƣ, Công tác tuyên truyền cho ngƣời dân và doanh nghiệp về việc nộp phí và lệ phí còn nhiều hạn chế, hoạt động này chƣa đƣợc Bộ Tài nguyên và Môi trƣờng quan tâm chú trọng đầu tƣ.
Thứ năm, cơ chế sử dụng tiền phí đƣợc để lại của các đơn vị sự nghiệp công lập chƣa thật sự phù hợp với cơ chế quản lý tài chính hiện hành, do đó
mà Bộ Tài nguy n và Môi trƣờng cần có sự thay đổi trong việc sử dụng tiền phí,lệ phí thu đƣợc.
Thứ sáu, do bộ máy kiểm tra, giám sát chƣa đồng bộ, chƣa đầy đủ về chất và lƣợng, quyết định của ngƣời có thẩm quyền còn chƣa quyết liệt, nghiêm minh trong xử lý vi phạm; việc sắp xếp tổ chức thanh tra giám sát chƣa phù hợp có nguyên nhân chủ quan của Bộ Tài nguy n và Môi trƣờng. Bên cạnh đó do các quy định hiện hành về phòng, chống tham nhũng; xử lý trách nhiệm ngƣời đứng đầu chƣa phù hợp khi yêu cầu xem xét xử lý chính bản thân họ khi cấp dƣới vi phạm bị xử lý kỷ luật.
Thứ bảy, chƣa xây dựng qui trình và áp dụng công nghệ trong thu phí, lệ phí theo tiêu chuẩn ISO các bƣớc công việc thu phí, lệ phí quy định rõ hồ sơ, giấy tờ khai báo, quy trình trích xuất thông tin của cơ quan để áp mức thu phí, lệ phí theo đúng qui định.
Thứ tám, chƣa đẩy mạnh công tác xã hội hóa dịch vụ thu phí cho các tổ chức, doanh nghiệp có đủ năng lực và điều kiện kinh doanh theo quy định.
CHƢƠNG 4: ĐỊNH HƢỚNG VÀ GIẢI PHÁP HOÀN THIỆN QUẢN LÝ NHÀ NƢỚC VỀ THU CHI PHÍ, LỆ PHÍ TẠI BỘ TN&MT