Cần nhận thức rõ rằng nghiệp vụ thu thuế là của cơ quan thuế. Nhiệm vụ quản lý thuế là do cơ quan thuế làm nòng cốt, nhƣng phải có sự tham gia của cả xã hội. Mặc khác, khi kiểm tra thuế tại trụ sở NNT, một nội dung quan trọng của quản lý thuế, luôn diễn ra giữa cơ quan thuế và ĐTNT. ĐTNT có thể là những đơn vị thuộc nhiều thành phần kinh tế. Vì vậy, công tác quản lý, công tác kiểm tra thuế không thể thành công nếu thiếu sự lãnh đạo, chỉ đạo của các cấp, các ngành. Trong đó:
- Sự lãnh đạo, chỉ đạo của bản thân ngành thuế: Các cấp Cục – Tổng cục có nhiệm vụ phê duyệt chƣơng trình, kế hoạch kiểm tra, đồng thời có trách nhiệm và đủ điều kiện làm nhiệm vụ huấn luyện, đào tạo, kiểm tra cấp dƣới hoạt động ra sao. Một vấn đề quan trọng mà bất k loại hình kiểm tra nào cũng cần là sự quan tâm của lãnh đạo chính quyền.
- Sự quan tâm của chính quyền các cấp : Hiện nay, ngành thuế hoạt động độc lập, hoạt động theo ngành dọc, nhƣng nguồn thu từ thuế phần lớn lại đƣợc điều tiết cho ngân sách các tỉnh thành phố đƣợc hƣởng. Với lợi thế là chính quyền các cấp lãnh đạo toàn bộ các mặt kinh tế, xã hội, cấp tỉnh, huyện hoàn toàn tạo đƣợc môi trƣờng xã hội cho các cơ sở sản xuất kinh doanh, các cơ quan thuế thực hiện nhiệm vụ. Những vấn đề thuộc môi trƣờng mà công tác quản lý thuế, trong đó có kiểm tra thuế, còn là: Mức độ dân trí, mức độ tuân thủ pháp luật của toàn dân, công tác phối hợp giữa các cơ quan lập pháp, hành pháp, tƣ pháp ở địa phƣơng giúp cho ngành thuế hoạt động.
Các cơ quan quản lý cần thẩm định kỹ lƣỡng việc cấp phép thành lập, chuyển đổi loại hình, đồng thời tăng cƣờng kiểm tra sau cấp phép. Điều này sẽ đảm bảo các DN hoạt động đúng địa chỉ đăng ký, cũng nhƣ đáp ứng đầu đủ các điều kiện tối thiểu để thực hiện kinh doanh. Đối với các trƣờng hợp thay đổi đăng ký kinh doanh, tạm ngừng nghỉ, cần có sự phối hợp trao đổi thông tin giữa các cơ quan cấp phép với cơ quan thuế để quản lý chặt chẽ. Cùng với đó, cơ quan thuế tổ chức rà soát các hồ sơ khai thuế đối với các DN mới thành lập, nhất là các DN có đại diện pháp lý là ngƣời địa phƣơng khác; các DN hoạt động trong các lĩnh vực có rủi ro nhƣ khai thác đất đá, cát sỏi, khoáng sản. Đối với các đơn vị có rủi ro cao, nhất là trƣờng hợp có DT tăng đột biến, cần thông báo tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp để giám sát, và xử lý kịp thời các DN có hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.
Trong điều kiện hiện nay, một vấn đề rất quan trọng đó là sự phối hợp, cứng rắn trong quá trình thực thi chế độ chính sách. Ngoài ra, chính quyền địa phƣơng còn có vai trò hết sức quan trọng đối với ĐTNT. Các ĐTNT, dù là doanh nghiệp trong nƣớc hay nƣớc ngoài, khi hoạt động trong địa phƣơng đều chịu sự chi phối chỉ đạo của chính quyền. Vì thế, chính quyền địa phƣơng hỗ trợ công tác quản lý, kiểm tra thuế là rất hiệu quả.