Cần căng cƣờng công tác phối hợp giữa các bộ phận trong nội bộ chi cục thuế, cụ thể:
- Phối hợp giữa các bộ phận trong Chi cục Thuế: Việc tăng cƣờng sự phối hợp với các bộ phận trong Chi cục thuế để hỗ trợ công tác kiểm tra thuế hoàn thành tốt nhiệm vụ của mình.
- Đội Kê khai - Kế toán thuế - Tin học – Tổng hợp – Nghiệp vụ - Dự toán – Pháp chế: Trong quá trình kiểm tra, cán bộ kiểm tra cần phối hợp sâu rộng hơn với Đội Kê khai - Kế toán thuế - Tin học – Tổng hợp – Nghiệp vụ - Dự toán – Pháp chế để đối chiếu, xác nhận hồ sơ, tài liệu, các thông tin có liên quan đến hoạt động kinh doanh của mình nếu có chênh lệch về số liệu kê khai trên hệ thống, từ đó nắm đƣợc tình hình khai, nộp của NNT một cách chính xác. Số liệu từ Đội Kê khai - Kế toán thuế - Tin học – Tổng hợp – Nghiệp vụ - Dự toán – Pháp chế là nguồn dữ liệu quan trọng để phân tích rủi ro về thuế, lập kế hoạch kiểm tra thuế.
- Đội quản lý và cưỡng chế nợ: Thông qua việc xác định nghĩa vụ thuế phải nộp cuối cùng của NNT tại Biên bản Kết luận kiểm tra, cán bộ kiểm tra cần thông báo cho Đội quản lý và cƣỡng chế nợ thuế về việc thay đổi nghĩa vụ thuế của NNT theo kết quả kiểm tra, từ đó giúp Đội quản lý và cƣỡng chế nợ thuế nắm bắt đƣợc chính xác, kịp thời tình trạng nợ thuế của NNT, tránh tình trạng bộ phận nợ theo dõi, ra thông báo đôn đốc nợ sai.