Phương phỏp DNA microarray là kỹ thuật phỏt hiện DNA HPV hoặc cRNA HPV bằng cỏch lai húa sản phẩm đớch với cỏc mẫu dũ đặc hiệu đó gắn với cỏc hạt chip silicon trong cỏc giếng trờn phiến kớnh. Sản phẩm lai giữa DNA đớch và mẫu dũ được phỏt hiện bằng tớn hiệu huỳnh quang hoặc bằng
phương phỏp húa phỏt quang. Cường độ của tớn hiệu thu được phụ thuộc vào nồng độ DNA đớch.
Mỗi giếng lai cú khoảng 10-12 mole trỡnh tự oligonucleotid mẫu dũ được thiết kế đặc hiệu với cỏc trỡnh tự bổ xung trờn DNA đớch hoặc với cỏc khung đọc mở trờn DNA đớch. Chiều dài mẫu dũ tựy thuộc vào đoạn DNA đớch mong muốn.
Phương phỏp DNA microarray gồm hai loại:
• Loại DNA microarray hai kờnh (two-channel microarray): Thường được sử dụng phỏt hiện cDNA từ hai mẫu cần so sỏnh với hai loại mẫu dũ được đỏnh dấu bằng hai loại huỳnh quang khỏc nhau. Loại huỳnh quang thường được sử dụng là Cy3 (phỏt xạ huỳnh quang ở bước súng 570 nm) và Cy5 (phỏt xạ huỳnh quang ở bước súng 670 nm). Hai mẫu DNA đớch sau khi lai sẽ được trộn chung lại tạo ra một hỗn hợp lai và đọc trờn mỏy scan bằng laser với hai loại bước súng khỏc nhau.
• Loại DNA microarray một kờnh (one-channel microarray): Phương phỏp này chủ yếu sử dụng trong đỏnh giỏ kết quả lai của DNA đớch với mẫu dũ nhưng ớt cú giỏ trị trong đỏnh giỏ so sỏnh với cỏc mẫu khỏc vỡ việc đỏnh giỏ so sỏnh khả năng lai của cựng DNA đớch với mẫu dũ phải thực hiện trong điều kiện hoàn toàn giống nhau.
Hiện nay trờn thương mại, kit dựa trờn DNA array được sử dụng là PapilloCheck (Greiner Bio-One, Monroe, NC) phỏt hiện 24 HPV genotype. E1 HPV genotype được khuếch đại trong phản ứng PCR sẽ được lai với DNA chip đó gắn cố định cỏc HPV oligoprobe. PapilloCheck cú thể tiến hành với 12 mẫu trong cựng thời điểm nờn cú thể trỏnh kết quả õm tớnh hoặc dương tớnh giả. So sỏnh với kit Roche Linear array, DNA array cho kết quả xỏc định genotype HPV tương đồng.