Cỏc phương phỏp PCR thụng thường chỉ đỏnh giỏ định tớnh mà khụng đỏnh giỏ định lượng vi rỳt. Real-time PCR là phương phỏp khuếch đại đớch cú độ nhạy cao, thường được sử dụng trong định tớnh và định lượng DNA HPV.
Real-time PCR cho phộp khuếch đại và xỏc định số lượng bản sao được tạo ra trong từng chu kỳ nhiệt. Kết quả DNA đớch được hiển thị ngay sau mỗi chu kỳ nhiệt dựa trờn sự tỷ lệ thuận giữa tớn hiệu huỳnh quang phỏt ra và số lượng bản sao DNA được tổng hợp.
Đường chuẩn của phản ứng được xõy dựng dựa trờn số lượng bản sao DNA đớch trong một gam mẫu chuẩn và xỏc định giỏ trị chu kỳ ngưỡng cho từng mẫu tương ứng. Chu kỳ ngưỡng (Ct-threshold cycle) là chu kỳ nhiệt mà ở tại thời điểm đú sản phẩm PCR cho tớn hiệu huỳnh quang tăng vọt vượt qua cường độ huỳnh quang nền. Nếu số lượng DNA đớch càng lớn thỡ Ct càng nhỏ và nếu số lượng DNA đớch ớt thỡ cần nhiều chu kỳ nhiệt hơn. Phản ứng real-time PCR lý tưởng khi tớn hiệu huỳnh quang tăng gấp đụi sau mỗi chu kỳ nhiệt.
Chất phỏt huỳnh quang chốn vào sợi đụi DNA làm bản sao DNA đớch được tạo ra phỏt huỳnh quang khi cú nguồn sỏng kớch thớch. Chất phỏt quang thường được sử dụng là SYBR Green 1 hoặc cỏc mẫu dũ đặc hiệu (Taqman probe, Beacon probe, Hybridization probe...).
Phương phỏp real-time PCR cú thể thực hiện nhanh, giỏ thành khụng đắt, định lượng được sản phẩm DNA và RNA. Phương phỏp này cú thể phỏt hiện được 10.000 chuỗi gen sao chộp/phản ứng (khoảng 100 tế bào bị nhiễm).
Việc xỏc định số lượng vi rỳt cho phộp xỏc định được mRNA, đỏnh giỏ sự hoạt động của gen E6 và E7. Khi 2 vựng gen này hoạt động sẽ gõy ra những biến đổi cũng như cho cỏc sản phẩm của cỏc vựng gen này. Đõy là phương phỏp cú độ nhạy 100% và độ đặc hiệu 70%.
Trờn thương mại cú cỏc loại Kit khỏc nhau dựa trờn nguyờn lý của real- time PCR như Roche LightCycler 2, Applied Biosystems 7900 HT và Corbett Rotor-Gene 6600. Những kit này thường được sử dụng trong chẩn đoỏn in vitro tại Chõu Âu, tuy nhiờn vẫn chưa được FDA cụng nhận.