Phân tích di truyền liên kết là một công cụ hiệu quả trong chẩn đoán bệnh di truyền, nhằm phát hiện gián tiếp tổn thương gen thông qua nhóm gen liên kết. Một nhóm gen được gọi là có liên kết khi chúng luôn được di truyền cùng nhau – hay không bị trao đổi chéo trong quá trình giảm phân. Thông qua việc xác định các gen
liên kết với gen bệnh, có thể chẩn đoán các rối loạn đơn gen phức tạp và nhiều dạng như ở bệnh hemophilia A. Quy trình phân tích bao gồm xác định kiểu gen của các thành viên trong gia đình nghi ngờ mang gen bệnh, sau đó thiết lập sơ đồ phả hệ nhằm xem xét sự di truyền của nhóm gen liên kết với gen bệnh.
Trong việc sàng lọc chỉ thị cần chú ý tới vị trí locus chứa chúng để lựa chọn được các chỉ thị nội gen và ngoại gen nằm về cả 2 phía so với gen bệnh để tăng độ tin cậy của kết quả chẩn đoán. Khoảng cách từ chỉ thị đó đến vị trí đột biến cũng là một yếu tố quan trọng, vì những chỉ thị ở xa gen sẽ có tần số tái tổ hợp tăng dần. Tái tổ hợp xảy ra trước lần giảm phân đầu tiên ở các tế bào mầm khi các NST kép trong mỗi cặp tương đồng xếp thẳng hàng nhau. Lúc này, các trình tự DNA tương đồng trên NST từ bố và từ mẹ có thể trao đổi với nhau, quá trình này là hiện tượng trao đổi chéo. Phạm vi tái tổ hợp rộng hay hẹp thay đổi ngẫu nhiên dọc theo chiều dài NST, chính vì thế 2 gen càng gần nhau thì khả năng trao đổi chéo của chúng sẽ càng giảm trong suốt quá trình giảm phân hay nói cách khác, tần số tái tổ hợp giữa 2 gen trên cùng NST càng thấp thì chúng càng liên kết chặt chẽ với nhau và càng ở gần nhau. Tần số tái tổ hợp có thể tính từ số cá thể con xuất hiện kiểu hình khác với bố mẹ do quá trình trao đổi chéo các allele khác nhau trên gen.
Mặt khác, chỉ thị càng liên kết tốt với gen có đột biến, khả năng xác định đột biến đó sẽ càng chính xác. Khoảng cách tương ứng với 1% tần số tái tổ hợp là centimorgan (cM). Theo nghiên cứu của Harvey Lodish và cộng sự [46], dựa trên kết quả so sánh khoảng cách vật lý thực tế giữa các gen đã được xác định tần số tái tổ hợp bằng phân tích phân tử, thì trung bình 1 cM ở người tương ứng với khoảng 7,5.105
bp, hay xấp xỉ 1 Mbp. Theo khuyến cáo của Hội sản khoa và Phôi học Châu Âu, khi sàng lọc chỉ thị chỉ nên tiến hành nghiên cứu trong phạm vi từ 1 đến 3 Mbps để đảm bảo độ liên kết giữa chỉ thị và gen cần xác định đột biến [32]. Chính vì thế, trong thiết kế bộ chỉ thị STR nhằm xác định gián tiếp đột biến trên F8, cần đảm bảo các chỉ thị được lựa chọn nằm ở 2 bên gen này để nếu xảy ra hiện tượng trao đổi chéo dù với xác suất nhỏ, vẫn đảm bảo có các chỉ thị được di truyền cùng gen. Ngoài ra, cần chú ý lựa chọn nhiều chỉ thị khi phân tích nhằm hạn chế khả năng mất thông tin do ADO
hay do bản thân một chỉ thị nào đó không có thông tin trong gia đình được chẩn đoán. Với những đặc điểm trên, việc tiến hành nghiên cứu phát hiện gián tiếp đột biến gen F8 thông qua các chỉ thị liên kết với gen này vừa giúp việc chẩn đoán dễ dàng hơn, vừa hạn chế được hiện tượng ADO, đáp ứng yêu cầu của chẩn đoán trước làm tổ. Hơn nữa, kỹ thuật này còn góp phần kiểm soát tình trạng nhiễm chéo và ngoại nhiễm trong chẩn đoán trước chuyển phôi hemophilia A.