Các ĐVSNCL thƣờng cần một nguồn kinh phí đảm bảo cho hoạt động ổn định và có tích lũy để thực hiện các mục tiêu phát triển của đơn vị. Do đó, mục tiêu QLTC tại ĐVSNCL cũng nhằm hƣớng tới phát triển nguồn thu, đảm bảo nguồn kinh phí hoạt động, sử dụng nguồn kinh phí tiết kiệm, hiệu quả và kiểm soát hoạt động, nâng cao tính tự chủ hƣớng tới các mục tiêu phát triển của đơn vị; cụ thể một số mục tiêu nhƣ:
Một là: đảm bảo nguồn lực để thực hiện các nhiệm vụ và mục tiêu phát triển của ĐVSNCL.
Để thực hiện tốtcác nhiệm vụ chính trị đƣợc giao, các ĐVSNCL rất cần có nguồn lực tài chính ổn định. Nguồn tài chính hiện nay của các ĐVSNCL chủ yếu bao gồm các nguồn thu từ ngân sách nhà nƣớc và các nguồn thu hợp pháp khác.
Đối với nguồn NSNN cấp xu hƣớng giảm dần, trong khi đó các nguồn thu hợp pháp khác của các ĐVSNCL đa phần đều không ổn định.
Vì vậy, mục tiêu của QLTC tại các ĐVSNCL hiện nay hƣớng tới phát triển nguồn thu, đảm bảo nguồn kinh phí thực hiện hoàn thành các mục tiêu chính trị đƣợc Nhà nƣớc giao.
Hai là: tổ chức sử dụng tiết kiệm nguồn ngân sách nhà nước và tăng cường quản lý nguồn kinh phí
Tăng cƣờng quản lý nguồn kinh phí của cácĐVSNCL là một phạm trù kinh tế phản ánh trình độ quản lý, xây dựng kế hoạch, tổ chức quản lý chi phí và chất lƣợng dịch vụ cung cấp của ĐVSNCL. Công tác lập kế hoạch chiến lƣợc hoạt động của ĐVSNCL để xác định mục tiêu đầu tƣ đúng đắn; các khoản chi đƣợc tính toán cân đối, phù hợp với định hƣớng chiến lƣợc và mục tiêu phát triển của đơn vị. Việc chi trả các khoản chi cũng phải đƣợc thực hiện một cách hợp lý, tiết kiệm, không thất thoát, lãng phí.
Tăng cƣờng quản lý tài chính còn đƣợc thể hiện là tăng thu nhập cho ngƣời lao động và trích lập các quỹ cơ quan cho mục tiêu của đơn vị.
Tăng cƣờng sử dụng nguồn kinh phí cũng đƣợc đánh giá trên góc độ xã hội, mang lại các dịch vụ tiện ích phù hợp, thông qua việc cung cấp các dịch vụ tƣơng ứng với chi phí hợp lý, đảm bảo nâng cao chất lƣợng dịch vụ cho xã hội.
Ba là: Kiểm soát và giám sát chặt chẽ các mặt hoạt động
Quản lý tài chính cần thực hiện việc kiểm tra thƣờng xuyên, liên tục thông qua phân tích các chỉ tiêu tài chính nhƣ: chỉ tiêu về kết cấu tài chính, chỉ tiêu về khả năng thanh toán, sử dụng các nguồn lực tài chính… Bằng việc phân tích các chỉ tiêu tài chính cho phép ĐVSNCL có căn cứ quan trọng để đề ra kịp thời các giải pháp tối ƣu trong công tác xây dựng kế hoạch và chiến lƣợc phát triển của đơn vị.