Đặc điểm hoạt động của ngành là một trong những nhân tố quan trọng ảnh hƣởng trực tiến đến công tác quản lý tài chính của ĐVSNCL. Do đặc điểm hoạt động của mỗi đơn vị là khác nhau dễn đến mô hình quản lý tài chính của đơn vị cũng sẽ khác nhau.
Các ĐVSNCL nằm trong từng ngành sẽ đƣợc đơn vị chủ quản ngành đó thiết lập cho những cơ chế quản lý tài chính nội bộ phù hợp với hệ thống định mức thu - chi áp dụng riêng trong ngành. Cơ chế quản lý này vừa phải cụ thể hóa bằng các văn bản pháp quy của Nhà nƣớc, vừa phải đáp ứng các yêu cầu riêng của ngành, phù hợp với những yêu cầu quản lý đặc thù mà Nhà nƣớc đã quy định, sao cho công tác quản lý tài chính của ĐVSNCL đƣợc chặt chẽ hơn.
Một số ngành có những chính sách quản lý tài chính đặc thù tăng tính tự chủ, năng động, sáng tạo về quản lý tài chính của ĐVSNCL trong ngành đó. Một số ngành lại có xu hƣớng hạn chế quyền tự chủ về tài chính cho các ĐVSNCL trực thuộc ngành mình.
Hơn nữa, môi trƣờng ngành chính là nơi diễn ra các hoạt động của ĐVSNCL, đó cũng là nơi tiếp nhận các sản phẩm, dịch vụ do ĐVSNCL cung cấp. Do vậy môi trƣờng ngành cũng có ảnh hƣởng rất lớn đến hoạt động của ĐVSNCL nói chung và việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính nói riêng.
Đối với các đơn vị cung cấp dịch vụ độc quyền nhƣ các đài phát thanh - truyền hình, văn hóa, nghệ thuật, thể thao... thì quản lý tài chính theo chế độ
nhà nƣớc có thuận lợi hơn, tuy nhiên thƣờng vấp phải vấn đề lạc hậu của định mức, chính sách do các cơ quan ban hành chính sách.
Đối với các ĐVSNCL cung cấp dịch vụ và sản phẩm chịu sự cạnh tranh của cơ sở tƣ nhân nhƣ giáo dục, y tế.. thì quản lý tài chính buộc phải thay đổi nhanh hơn theo cơ chế thị trƣờng, nếu không ĐVSNCL sẽ không thể tồn tại đƣợc. Bởi vậy, các ĐVSNCL cung ứng sản phẩm, dịch vụ có tính cạnh tranh phải thực hiện cải cách, nâng cao công tác quản lý tài chính để có thể tồn tại và phát triển hiệu quả trong nền kinh tế thị trƣờng hiện nay.