Một trong những phƣơng pháp kiểm soát sinh học đƣợc tập trung nghiên cứu đó là sử dụng các chủng xạ khuẩn. Các chủng xạ khuẩn có khả năng thúc đẩy tăng trƣởng thực vật bằng cách tác động trực tiếp nhƣ thải ra sắt, photpho hòa tan và sản sinh các hormone thực vật hoặc gián tiếp nhƣ ức chế tác nhân gây bệnh hoặc cảm ứng các cơ chế kháng của thực vật chống lại mầm bệnh [14] [22].
Một số chủng thuộc chi Streptomyces đã đƣợc chứng minh là không những hỗ trợ thực vật trong việc hấp thu các chất dinh dƣỡng mà còn kiểm soát các tác nhân gây bệnh cho cây trồng [20]. Năm chủng Streptomyces spp. (CAI - 24, CAI - 121, CAI - 127, KAI - 32 và KAI - 90) đƣợc phân lập từ cỏ ở các đống ủ đã đƣợc báo cáo là có hoạt tính chống lại bệnh héo lá ở đậu xanh do Fusarium oxysporum
gây ra. Ngoài ra, các chủng xạ khuẩn Streptomyces đƣợc chọn lọc này cũng có khả năng sinh siderophore, indole acetic acid (trừ KAI - 90), hydrocyanic acid, cellulase (chỉ KAI - 32 và KAI - 90) và protease (chỉ CAI - 24 và CAI - 127) [20].
Năm 2006, Prapavathy và cộng sự công bố hiệu quả của chủng Streptomyces
sp. PM5 trong việc ức chế sự tăng trƣởng của nấm gây bệnh đạo ôn Pryricularia oryzae và nấm gây bệnh bạc lá lúa Rhizoctonia solani. Ngoài ra, một số chủng
Streptomyces spp. phân lập từ 21 mẫu đất Indonesia đƣợc công bố có khả năng ức chế sự sinh trƣởng của vi khuẩn Gram dƣơng Bacillus subtilis và Gram âm
Trƣớc đây, các nghiên cứu về khống chế sinh học để kiểm soát các bệnh trên lúa chƣa đƣợc chú ý nhiều, nhƣng gần đây, đã có một vài thành tựu có ý nghĩa. Trong đó có sử dụng các vi khuẩn có mối quan hệ với thực vật nhƣ là các tác nhân khống chế sinh học. Ví dụ nhƣ các nghiên cứu của Gnanamanickam và các cộng sự của ông tại Ấn Độ và Philipin đã tìm thấy chủng Pseudomonas fluorescens có khả năng ức chế sự phát triển của Xoo gây bệnh bạc lá lúa [17]. Ngoài ra chủng còn cho thấy có khả năng ức chế sự phát triển của nhiều vi sinh vật gây bệnh trên cây nhƣ vi khuẩn, nấm, virus và giun sống kí sinh. Các kết quả thử nghiệm đã chứng minh chủng P. fluorescens này có vai trò quan trọng trong việc kiểm soát các bệnh cây củ cải đƣờng, lúa mạch và cây thuốc lá. Các nghiên cứu của Ji và cộng sự năm 2008 đã cho thấy chủng Lysobacter antibioticus 13-1 có khả năng ức chế sự phát triển của nhiều loài nấm và vi khuẩn gây bệnh thực vật, trong đó có Xoo [29].. Chủng này có khả năng kìm hãm sự phát triển của Xoo hiệu quả lên tới 69.7%. Những thử nghiệm trên đồng ruộng cho thấy hiệu quả làm giảm sự có mặt của Xoo trên lúa từ 59.1- r73.5%. Hiệu quả ức chế Xoo của chủng Lysobacter antibioticus 13-1 thử trên các dòng lúa khác nhau có biến động tùy theo từng dòng lúa. Thêm vào đó hiệu quả ức chế này còn phụ thuộc vào từng chủng Xoo gây bệnh [29].