Từ các mẫu ngô thu được sau khi xử lý hạn, chúng tôi đã tách chiết được RNA tổng số tinh sạch có chất lượng tốt phục vụ tổng hợp cDNA chịu hạn của ngô. Kết quả tinh sạch các mẫu RNA được trình bày trong bảng 3.1.
Bảng 3.1. Kết quả tách chiết RNA tổng số của giống NTCB
Thân Rễ Lá 0h 1h 6h 12h 24h 0h 1h 6h 12h 24h 0h 1h 6h 12h 24h A260/A280 2,02 2,03 2,02 2,05 2,04 2,02 2,04 2,07 2,04 2,10 2,04 2,02 2,08 2,04 2,05 A260/A230 1,97 1,98 1,96 1,98 1,98 1,98 1,97 1,98 1,96 1,97 1,98 1,96 1,95 1,97 1,93 Nồng độ (µg/µl) 0,16 0,17 0,18 0,15 0,16 0,20 0,17 0,21 0,17 0,16 0,15 0,16 0,13 0,17 0,19
Qua bảng 3.1, Các mẫu khi đo nanodrop đều có chỉ số A260/A280 và A260/A230 trong khoảng giới hạn từ 1,8 đến 2.2 với nồng độ RNA cao trên 100 ng/µl về lý thuyết có nghĩa là RNA tổng số đủ điều kiện để sử dụng làm vật liệu cho công việc tách dòng gen.
Tuy nhiên, phân tích quang phổ bằng máy đo nanodrop chỉ cho phép đánh giá độ tinh sạch của mẫu mà không cho biết độ nguyên vẹn của mẫu do bước sóng hấp thụ 260 nm của RNA không phụ thuộc vào chiều dài các phân tử này. Phương pháp điện di cho phép phân tích độ nguyên vẹn (độ phân hủy) của mẫu RNA dựa vào kích thước của các sản phẩm RNA quan sát được. Trong mẫu RNA tổng số, RNA vận chuyển và RNA ribosome thường chiếm lượng lớn trên 95%, do đó khi điện di khó có thể quan sát được kích thước của RNA thông tin. Tuy nhiên, chất lượng của RNA thông tin có thể đánh giá gián tiếp thông qua kích thước của RNA ribosome. Với các mẫu nguyên vẹn, không bị phân hủy, sản phẩm điện di sẽ hiện lên các băng rõ nét trong khi các mẫu bị phân hủy sẽ cho các vệt mờ do
RNA ribosome bị phân hủy thành sản phẩm có kích thước khác nhau. Kết quả điện di RNA tổng số được tách chiết từ giống NTCB được trình bày trong hình 3.1.
Hình 3.1. Kết quả điện di kiểm tra RNA tổng số
Kết quả điện di cũng cho thấy các mẫu RNA có chất lượng cao, không bị phân hủy. Trong tất cả các mẫu đều có 2 vạch RNA ribosome rõ nét. Không có vết mờ chứng tỏ mẫu RNA không bị đứt gãy hay phân hủy, phù hợp cho việc tổng hợp cDNA sợi đơn.
Từ các mẫu RNA tổng số này, chúng tôi đã tiến hành tổng hợp và thu được cDNA của giống NTCB như mô tả trong phần phương pháp để sử dụng cho quá trình tách dòng gen.