- Kế toán trƣởng: đƣợc Tổng giám đốc Cảng Sài Gòn bổ nhiệm, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Phó giám đốc kinh tế, có quyền điều hành và chịu trách nhiệm về lĩnh vực tài chính của cảng.
- Kế toán tiền lƣơng: căn cứ vào bảng lƣơng, các chứng từ thanh toán, BHXH do ban tổ chức tiền lƣơng chuyển qua, lập bảng phân bổ lƣơng, báo cáo thanh toán BHXH, căn cứ vào đó để hạch toán lƣơng và nhập liệu vào phần mềm kế toán.
- Kế toán vật tƣ: quản lí theo dõi hoạt động nhập - xuất - tồn vật tƣ, NVL căn cứ vào chứng từ hóa đơn mua, phiếu nhập kho, bảng kê xuất vật tƣ để hạch toán và nhập liệu vào phần mềm kế toán
- Kế toán tài sản cố định: căn cứ vào bảng chi tiết khấu hao TSCĐ, các quyết định tăng giảm tài sản do cấp trên chuyển tới, kiểm tra số liệu, lập các báo cáo về TSCĐ.
- Kế toán ngân hàng: theo dõi và chịu trách nhiệm các khoản thu chi, giao dịch qua ngân hàng.
- Kế toán doanh thu và công nợ phải thu: ở cảng hóa đơn cung cấp dịch vụ do bộ phận thƣơng vụ - ban kinh doanh khai thác lập và chuyển chi. Kế toán doanh thu và công nợ phải thu hằng ngày cập nhật số liệu với bên thƣơng vụ, lập phiếu kế toán ghi nhận doanh thu, công nợ, lập báo cáo doanh thu và công nợ.
- Kế toán tiền mặt: hằng ngày căn cứ vào hóa đơn cung cấp dịch vụ do bộ phận thƣơng vụ chuyển qua và các chứng từ duyệt chi khác để lập phiếu thu, phiếu chi, in sổ chi tiết tiền mặt để đối chiếu với thủ quỹ.
- Kế toán tổng hợp: chịu sự chỉ đạo của kế toán trƣởng, thu thập, xử lí thông tin, số liệu kế toán, căn cứ vào số liệu và sổ sách kế toán chi tiết để tổng hợp chi phí, tính giá thành dịch vụ, lập bảng xác định kết quả kinh doanh, báo cáo kế toán và kiểm tra đối chiếu giữa số liệu tổng hợp, chi tiết.
- Thủ quỹ: có trách nhiệm giữ và bảo quản tiền mặt, nộp tiền vào ngân hàng, hằng ngày căn cứ vào phiếu thu chi để lập sổ quỹ tiền mặt và báo cáo kế toán trƣởng.