Quản lý và xác minh hóa đơn là một trong những vấn đề khá phức tạp mà đội kiểm tra đang đối mặt. Do đó cần phải có phần mềm xác minh hóa đơn đầu ra, đầu vào. Trên cơ sở tờ khai và bảng kê nộp qua mạng, dựa vào số liệu này phần mềm xác minh sẽ có cơ sở dữ liệu để xác minh- đối chiếu hóa đơn.
Ngoài ra cũng cần phải tạo điều kiện thuận lợi cho DN thực hiện cơ chế tự khai- tự nộp và tự in hóa đơn theo hướng cải cách hành chính thuế, giúp DN tự kiểm tra ngay trong hoạt động mua bán và tự chịu trách nhiệm trong công tác sử dụng hóa đơn, chứng từ. Đồng thời khuyến khích DN sử dụng mẫu hóa đơn tự in để phù hợp với đặc thù sản xuất kinh doanh đơn vị.
Đội kiểm tra thuế cần phải quản lý và theo dõi chặt chẽ việc sử dụng hóa đơn, chứng từ của các DN trên địa bàn đội đang quản lý. Sớm phát hiện việc sử dụng hóa đơn không hợp pháp để có biện pháp xử lý kịp thời.
5.3.3 Ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác kiểm tra thuế Hiện nay, Chi Cục Thuế quận Bình Thạnh đang tích cực đẩy mạnh công cuộc cải cách quản lý hành chính thuế tức là chuyển sang phương pháp quản lý hiện đại theo
mô hình quản lý TMS. Đây là mục tiêu chính của chương trình cải cách hiện đại mà ngành thuế đang hướng đến.
Mô hình này không chỉ bao gồm việc xây dựng các dịch vụ điện tử cung cấp cho đối tượng nộp thuế mà còn là xây dựng các quy trình quản lý thu nội bộ của cơ quan thuế trên cơ sở điện tử hóa nhằm giảm bớt các thao tác thủ công, giảm lượng giao dịch giấy tờ, tự động hóa các khâu xử lý thông tin theo dõi số thu, nộp. Việc ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác kiểm tra thuế hiện nay cần được đáp ứng kịp thời.