Song song với những ưu điểm, những khó khăn mà công ty gặp phải cũng như những mặt hạn chế đã ảnh hưởng không ít đến công việc kiểm toán.
Trong nhiều cuộc kiểm toán, số lượng KTV ít, còn khối lượng công việc lại quá nhiều, một người phải đảm nhiệm một lúc nhiều việc với thời gian gấp rút nên có thể dẫn đến chất lượng công việc không đảm bảo, KTV không đủ thời gian thực hiện hết các thử nghiệm cũng như thu thập đủ bằng chứng kiểm toán cần thiết.
KTV thu thập thông tin cơ sở về khách hàng dựa vào các nguồn: kinh nghiệm và hiểu biết của KTV về ngành nghề kinh doanh của khách hàng; tìm hiểu trên báo chí và các phương tiện thông tin đại chúng; hồ sơ kiểm toán năm trước (đối với khách hàng thường xuyên); trao đổi với Ban Giám đốc, Kế toán trưởng, nhân viên trong công ty khách hàng; trao đổi bằng văn bản với các bên liên quan của khách hàng; thu thập các biên bản pháp lý có liên quan như Giấy phép kinh doanh, Quyết định thành lập doanh nghiệp,... Tuy nhiên, có một nguồn thông tin rất hữu ích nhưng lại chưa được quan tâm, đó là vấn đề trao đổi với KTV tiền nhiệm. Mặc dù yêu cầu này được quy định cụ thể trong Chuẩn mực kiểm toán nhưng phần lớn là do sự cạnh tranh giữa các công ty kiểm toán nên thực tế KTV rất khó tiếp xúc được với nguồn thông tin này.
Trong quy trình kiểm toán chung của Công ty TND, thủ tục kiểm soát được nêu ra khá đầy đủ. Tuy nhiên, trong các cuộc kiểm toán thực tế tại công ty khách hàng, KTV đã lược bỏ một vài thử nghiệm kiểm soát, như công ty thường không tiến hành tìm hiểu, đánh giá, kiểm tra hệ thống KSNB của khách hàng là công ty vừa và nhỏ (có thể vì chi phí và thời gian kiểm toán không cho phép). Điều này dễ dẫn đến sự sai lệch trong việc đánh giá độ tin cậy của hệ thống KSNB của khách hàng. Khi đó, KTV phải mở rộng các thử nghiệm cơ bản, làm tăng chi phí, thời gian và khối lượng công việc kiểm toán, lại không đảm bảo thực hiện đầy đủ các thử nghiệm cần thiết.
Trong khi thực hiện thủ tục phân tích, để có thể đem lại bằng chứng thuyết phục cao hơn, tìm ra được các điểm mấu chốt cho thủ tục kiểm tra chi tiết, KTV cần kết hợp đồng thời nhiều thủ tục phân tích như phân tích ngang, phân tích dọc. Tuy nhiên, thủ tục phân tích chưa được chú trọng đối với nhiều trường hợp KH. Các KTV thường chỉ tính toán mức biến động của khoản mục năm nay so với năm trước, số liệu này nhiều khi không mang lại hiệu quả phân tích và đánh giá. Vì vậy, tốn nhiều thời gian cho cuộc kiểm toán và ảnh hưởng đến kết quả của cuộc kiểm toán.