- Hồ sơ xây dựng - là tài liệu kế toán chủ yếu của doanh nghiệp hoạt động xây dựng mang tính đặc thù chuyên môn ngành nghề cao, đòi hỏi phải có kỹ năng chuyên ngành để lập, kiểm tra, giám sát.
- Công trình xây dựng có giá trị lớn - phần lớn bên thi công phải tạm ứng vốn thi công, thời gian thi công kéo dài; chủ đầu tư thanh toán căn cứ vào hồ sơ quyết toán công trình, hạng mục công trình hoàn thành; căn cứ quy định của pháp luật về thời điểm doanh nghiệp thi công phải kê khai doanh thu, thuế thì nếu thực hiện đúng pháp luật bên thi công phải ứng tiền nộp thuế GTGT trước khi được chủ đầu tư thanh toán. Điều này dẫn đến tình trạng bên thi công chịu nhiều rủi ro về tài chính, khó khăn về vốn để hoạt động và thực hiện đúng nghĩa vụ về thuế.
- Về công tác quản lý cũng như cơ chế hoạt động của doanh nghiệp hoạt động xây dựng: số lượng doanh nghiệp ngoài quốc doanh với quy mô nhỏ là chủ yếu; thực tế chỉ có bộ máy quản lý thực hiện cơ chế khoán gọn cho các đội xây dựng theo tỷ lệ tổng chi phí trên giá trị công trình nên chứng từ kế toán thể hiện không phù hợp với số lượng, chủng loại, giá trị theo hồ sơ dự toán công trình.
- Tình trạng tiêu cực trong ngành xây dựng là phổ biến làm phát sinh khoản chi phí lớn bên thi công phải chi nhưng không có trong dự toán, không được tính vào chi phí hợp lý khi quyết toán thuế TNDN; lao động trực tiếp phần lớn là thuê ngoài và doanh nghiệp lập bảng thanh toán chi phí nhân công; có sự chênh lệch lớn về thuế suất thuế GTGT đầu vào giữa các loại vật tư, các khoản chi phí (loại thuế suất 5% và 10% và chi phí không có thuế); tình trạng xuất khống hoá đơn vật liệu xây dựng, nhiên liệu thi công của người kinh doanh còn xảy ra do phần lớn người tiêu dùng cá nhân không lấy hoá đơn khi mua hàng.
- Ý thức chấp hành pháp luật của các doanh nghiệp nói chung còn yếu – 100% doanh nghiệp có sai phạm qua kiểm tra với số thuế truy thu xử phạt lớn,
công tác kế toán của doanh nghiệp ngoài quốc doanh còn thiếu và yếu về chuyên môn: không có chuyên môn về kế toán xây dựng nói chung và kiến thức về ngành nghề hoạt động, quy định của pháp luật về thuế nên dẫn đến không theo dõi chi tiết chi phí theo từng công trình, hạch toán không kịp thời, kết chuyển sai giá thành xây dựng...