Nguyên nhân chủ quan
Trình độ chuyên môn của một bộ phận cán bộ công chức làm công tác quản lý thuế chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ được giao; trình độ ngoại ngữ và tin học còn yếu. Công tác quản lý các doanh nghiệp xây dựng ở một số bộ phận như kiểm tra thuế còn lỏng lẻo, chưa thật sự sát sao; việc theo dõi nắm bắt tình hình hoạt động SXKD của DN thông qua hồ sơ khai thuế và các kênh thông tin khác như thông qua các kênh thông tin từ ngân hàng; các DN có cùng quy, mô ngành
nghề; các bên có quan hệ mua bán, giao dịch liên kết... còn chậm, chưa kịp thời và chưa được quan tâm đúng mức.
Về công tác kê khai, nộp thuế, hoàn thuế, công tác rà soát, kiểm tra tờ khai thuế GTGT và đối chiếu so sánh các tài liệu khác liên quan đến số liệu khai thuế của các doanh nghiệp xây dựng còn hạn chế. Nghiệp vụ kế toán của cán bộ còn có những điểm hạn chế, việc tuân thủ các quy trình quản lý chưa thật sự tốt nên chưa phát huy được tinh thần tự chủ, sáng tạo trong công tác nắm bắt tình hình kinh doanh thực tế của các DN, chưa chủ động tham mưu đề xuất biện pháp quản lý để ngăn chặn các hiện tượng trốn lậu thuế đặc biệt là thuế GTGT. Từ đó dẫn đến việc quản lý thuế GTGT chưa thật sự có hiệu quả cao.
Cán bộ làm công tác tuyên truyền hỗ trợ các doanh nghiệp xây dựng còn chưa đồng đều về nghiệp vụ chuyên môn. Công tác tuyên truyền hỗ trợ được tiến hành thường xuyên, liên tục và đã có sự phối hợp với một số phương tiện thông tin như báo, đài nhằm tuyên truyền các luật thuế, song vẫn còn hạn chế.
Một số cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra còn chưa thích ứng với công tác thanh tra, kiểm tra trong cơ chế tự khai tự nộp; chưa thường xuyên nghiên cứu, cập nhật chính sách pháp luật thuế; chưa thành thạo về kế toán và phân tích đánh giá báo cáo tài chính của DN.
Việc phối hợp xác minh, kiểm tra tình hình sử dụng hoá đơn, chứng từ của các DN giữa các bộ phận trong cơ quan thuế còn mang tính thủ công, chưa đáp ứng được yêu cầu nhanh, chính xác, hiệu quả để phục vụ tốt cho công tác quản lý thuế GTGT. Việc triển khai công tác kiểm tra, xác minh hoá đơn, đối chiếu chéo hoá đơn thời gian kéo dài.
Ngoài ra công tác phối hợp giữa các bộ phận, các phòng chức năng tại cục thuế còn hạn chế trong việc cung cấp, khai thác, trao đổi thông tin về các doanh nghiệp xây dựng. Việc phân quyền, phân cấp khai thác thông tin các ứng dụng quản lý thuế còn chưa được hiệu quả.
Nguyên nhân khách quan
Công tác quản lý thuế GTGT còn có những hạn chế ngoài các nguyên nhân chủ quan trên, còn có tác động của một số nguyên nhân khách quan cơ bản sau:
Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thực hiện luật thuế GTGT còn có những hạn chế do vậy việc giải quyết những “giải pháp tình thế” Bộ tài chính, Tông cụ thuế đã có hàng trăm các văn bản dưới luật nên cho đến nay hệ thống các
văn bản hướng dẫn thi hành luật thuế GTGT đã rơi vào tình trạng chồng chéo, chắp vá, gây nhiều khó khăn, phức tạp trong điều hành, tô chức và quản lý thuế. Chưa nói đến giữa các văn bản lại phát sinh những vấn đề mâu thuẫn, không nhất quán, gây khó khăn khi thực hiện, làm ảnh hưởng tới công tác quản lý.
Công tác giải quyết hoàn thuế GTGT nhanh chóng và thông thoáng cho DN dẫn đến nhiều DN cố tình lợi dụng để vi phạm chiếm đoạt tiền thuế GTGT của ngân sách. Hoàn thuế GTGT nhằm khuyến khích NNT xuất khẩu hàng hóa dịch vụ đem lại nguần ngoại tệ giúp cân bằng cán cân thương mại và thúc đẩy kinh tế phát triển, do vậy quy định về hồ sơ hoàn thuế tương đối thông thoáng nhanh chóng cho các doanh nghiệp xây dựng. Nhưng cũng do tính thông thoáng, thủ tục đơn giản nên đã xảy ra một số các doanh nghiệp xây dựng gian lận trong việc xin hoàn thuế, ảnh hưởng đến thu NSNN.
Hệ thống máy tính, phần mềm quản lý thuế còn chưa ôn định, lỗi các ứng dụng quản lý còn chưa được khắc phục kịp thời dẫn đến khai thác và cập nhật thông tin hạn chế, số liệu không tránh khỏi sai sót; Cơ sở vật chất chưa đáp ứng được theo yêu cầu của nhiệm vụ.
Mức độ tuân thủ của các doanh nghiệp xây dựng còn chưa cao. Từ khi luật quản lý thuế trao quyền cho các doanh nghiệp xây dựng “tự khai, tự nộp, tự chịu trách nhiệm”, các doanh nghiệp xây dựng có nhiều hơn sự chủ động trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế, nhưng đi cùng với đó là việc phát sinh nhiều tình huống vi phạm pháp luật về thuế do các doanh nghiệp xây dựng chưa hiểu sâu sắc về nghĩa vụ và quyền lợi từ khoản tiền thuế mà mình đóng góp, chưa hiểu rõ về nội dung chính sách và nghiệp vụ tính thuế, kê khai nộp thuế, chưa nhận thức đúng trách nhiệm pháp luật về nghĩa vụ phải kê khai nộp thuế của mình dẫn đến có hành vi vi phạm trốn thuế, gian lận thuế gây thất thu cho NSNN.
Ngoài ra sự phối hợp giữa cơ quan thuế và ngân hàng trong việc thực hiện cung cấp thông tin về các doanh nghiệp xây dựng còn hạn chế; Công tác cưỡng chế nợ thuế đối với các DN cố tình không thực hiện nộp số thuế nợ vào NSNN cần đến sự phối hợp của các ngân hàng thương mại thông qua tài khoản của các doanh nghiệp xây dựng để cưỡng chế nợ thuế còn chưa được phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế dẫn đến số tiền nợ thuế kéo dài, ảnh hưởng đến số thu vào ngân sách Nhà nước, gây mất công bằng giữa các doanh nghiệp xây dựng và tính nghiêm minh của pháp luật.