Hệ thống chính sách thuế còn thiếu tính đồng bộ và chưa thực sự phản ánh đúng thực tế
bổ sung, điều chỉnh nên nhiều qui định còn mang tính chắp vá, thiếu chặt chẽ làm cho quá trình triển khai còn lúng túng trong quá trình thực thi chính sách, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hiệu quả của công tác quản lý. Có những nội dung còn chưa sát với thực tế quản lý thuế dẫn đến quá trình thực hiện còn nhiều vướng mắc cần phải có các công văn hướng dẫn bổ sung.
Công tác kê khai kế toán thuế chưa mang lại hiệu quả như mong muốn
Việc khai thuế qua mạng: Hiện nay 100% DN Cục thuế Bắc Giang quản lý đều thực hiện kê khai nộp thuế qua mạng, bên cạnh những lợi ích to lớn và sự thuận tiện của hệ thống KTQM đối với doanh nghiệp và cơ quan thuế, vẫn còn những tồn tại và hạn chế làm ảnh huởng đến chất luợng kê khai thuế đầy đủ, chính xác, đúng thời hạn như sau: Lỗi cập nhật không đúng phiên bản phần mềm Java vẫn là nguyên nhân lớn nhất gây nền tình trạng không chọn được tệp dữ liệu hoặc không gửi đựơc dữ liệu qua mạng đến cổng điện tử; Khi nguời nộp thuế thực hiện KTQM sẽ không thể nhận đuợc sự tư vấn, hỗ trợ trực tiếp của cán bộ thuế do vậytỷ lệ nộp hồ sơ khai thuế qua mạng bị trùng lặp nhiều lần, nộp muộn, nộp sai đối tuợng hoặc kê khai sai làm tăng thêm khối luợng công việc cho cán bộ xử lý hồ sơ khai thuế trong việc liên hệ các doanh nghiệp xây dựng để đôn đốc kê khai, khai bổ sung, lựa chọn hồ sơ để hoạch toán.
Sự phối hợp giữa cơ quan Thuế với Kho bạc Nhà nước ở một số đơn vị còn chậm, chứng từ do Kho bạc truyền sang cơ quan Thuế chưa đầy đủ, kịp thời theo quy định, nhiều trường hợp sai ngày nộp thuế, sai lệch Mục lục ngân sách giữa dữ liệu của Kho bạc với dữ liệu của các doanh nghiệp xây dựng; chứng từ thiếu thông tin, v.v. Việc sử dụng, khai thác ứng dụng TMS phức tạp trong khi trình độ công chức làm công tác kế toán, thống kê thuế của các Chi cục Thuế không đồng đều.
Các hồ sơ khai thuế GTGT nộp chậm các năm tương đối lớn nhưng chưa nghiêm túc xử phạt vi phạm hành chính nhằm đảm bảo công bằng giữa những các doanh nghiệp xây dựng.
Công tác kiểm tra thuế
Trong những năm qua lãnh đạo Cục Thuế tỉnh Bắc Giang rất quan tâm, chỉ đạo các bộ phận kiểm tra phân tích đánh giá, xác định các nội dung có mức độ rủi ro ảnh huởng trọng yếu đối với việc xác định nghĩa vụ thuế, xong chính sách thuế liên tục sửa đổi, bổ sung khiến cho DN gặp khó khăn trong việc cập nhật,
lắm bắt kịp thoiừ, không ít DN lợi dụng chính sách Thuế để gian lận tiền thuế, mặt khác do trình độ chuyên môn một số cán bộ làm công tác kiểm tra còn hạn chế, tuy có trình đọ chuyên môn nhưng chưa qua lớp đào tạo kỹ năng kiểm tra, thiếu kinh nghiệp chưa có khả năng phân tích hồ sơ khai thuế gắn kết voiứ các thông tin trên báo cáo tài chính và dữ liệu thu đuợc trên các kênh thông tin khác dẫn đến kết quả kiểm tra không cao, chưa phát hiện kịp thời các hành vi vi phạm, do đó sau khi kiểm tra tại trụ sở các doanh nghiệp xây dựng phải truy thu và xử phạt nhiều gây khó khăn cho DN và công tác xử lý của cơ quan thuế.
Việc phân tích kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế còn hình thức nên chất luợng kiểm tra chưa cao, chưa phana tích đựoc rõ nguyên nhân âm thuế hoặc phát sinh số thuế phải nộp thấp.
Việc chấp hành quy trình kiểm tra còn chưa thực sự nghiêm túc, thời gian kiểm tra còn để kéo dài, chưa có giải pháp, biện pháp xử lý dứt điểm. Xây dựng kế hoạch kiểm tra còn mang tính hình thức, chủ yếu phụ thuộc vào kinh nghiệm của cán bộ đảm nhiệm công tác xây dựng kế hoạch.
Công tác thanh tra thuế
Bên cạnh những kết quả đạt được thời gian qua, công tác thanh tra thuế vẫn bộc lộ một số tồn tại hạn chế như: Số các doanh nghiệp xây dựng được kiểm tra thấp, khâu lựa chọn đối tượng kiểm tra còn chưa bao quát hết các doanh nghiệp xây dựng gian lận; một số cuộc thanh tra có kết quả truy thu và xử phạt thấp; một số cuộc thanh tra còn diễn ra kéo dài do nguyên nhân từ các doanh nghiệp xây dựng.
Việc phân tích rủi ro trong kiểm tra thuế mới chỉ dừng lại ở một số bước đánh giá cơ bản, chưa chi tiết. Khi đánh giá tiêu chí quy mô và tốc độ phát triển của ngành và các DN, thiếu các chỉ tiêu bình quân chung của từng ngành, và khu vực. Cán bộ thanh tra mới chỉ dừng lại ở việc phân tích báo cáo tài chính của các doanh nghiệp xây dựng theo chiều dọc, chiều ngang và các tỷ suất doanh thu, lợi nhuận để đánh giá rủi ro, chưa thu thập được những thông tin hữu ích khác, mặt khác hệ thống chỉ tiêu phân tích, đánh giá mức độ rủi ro về thuế của các doanh nghiệp xây dựng chưa được xây dựng hoàn chỉnh, các tiêu chí phân loại DN để xác định phạm vi thanh tra chưa rõ ràng, gây khó khăn cho việc lựa chọn các đối tượng được thanh tra có hiệu quả.
thuế của các doanh nghiệp xây dựng, chưa nắm bắt được đầy đủ các thông tin khác như các tài khoản, thông tin giao dịch qua Ngân hàng…
Công tác quản lý nợ và cưỡng chế thuế
Công tác quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế còn chưa thực sự quyết liệt, tỷ lệ nợ đọng thuế còn cao.
Công tác phối hợp giữa các phòng chức năng chưa được chặt chẽ, kịp thời nên số liệu trên ứng dụng quản lý nợ còn có những sai sót đáng kể dẫn đến việc xác định số nợ của các doanh nghiệp xây dựng chưa chính xác.
Ứng dụng quản lý thuế tập trung TMS còn đang trong quá trình hoàn thiện và nâng cấp ảnh hưởng lớn đến việc theo dõi nợ, phân tích nợ, phân loại nợ và áp dụng các biện pháp thu hồi nợ.
Công tác xác minh tài khoản ngân hàng gặp nhiều khó khăn do Ngân hàng, các tô chức tín dụng chưa cung cấp các thông tin kịp thời, đầy đủ các thông tin về tài khoản của các doanh nghiệp xây dựng.
Hệ thống công nghệ thông tin còn chưa đáp ứng được yêu cầu đặt ra
Cơ sở vật chất của Cục thuế còn lạc hậu, chưa đáp ứng được yêu cầu. Hệ thống điện quá tải, chưa được nâng cấp ảnh hưởng không nhỏ đến đường truyền thông tin phục vụ công tác quản lý, trang thiết bị tin học chưa đồng bộ do vậy việc truyền, nhận dữ liệu còn gặp nhiều khó khăn.
Nguồn nhân lực phục vụ cho công tác tin học của ngành thuế còn thiếu và yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển. Đội ngũ cán bộ tin họ trình độ chuyên môn lại chưa cao nên chưa thực hiện chuyên môn hóa theo từng chức năng quản lý tin học. Việc kết nối thông tin giữa các cơ quan thuế với các ngân hàng còn chậm.