Huyện Phù Ninh có địa hình dốc, bậc thang và lòng chảo; được phân thành
6 cấp độ dốc với diện tích tương ứng như sau. Sự phong phú của địa hình là tiền
đề phát sinh nhiều loại đất khác nhau và đa dạng hóa các loại cây trồng. Địa hình ít phức tạp rất thuận lợi trong việc sử dụng đất vào sản xuất nông, lâm nghiệp; cho việc bố trí quy hoạch, xây dựng các công trình công cộng như giao thông,
thủy lợi… Tuy vậy, địa hình dốc cũng gây khó khăn không nhỏđến khảnăng sử
dụng đất vào các mục đích nông, lâm nghiệp như vận chuyển đi lại, kiến thiết
đồng ruộng, cơ giới hóa, ứng dụng các tiến bộ khoa học vào sản xuất nông, lâm
nghiệp, cải tạo đồng ruộng. Các đặc điểm khí hậu trên địa bàn huyện có nhiều
thuận lợi đối với đời sống dân sinh, phát triển các ngành sản xuất nông – lâm
nghiệp. Tuy nhiên cũng còn một số khó khăn do khí hậu gây ra như lượng mưa
phân bốkhông đều, tập trung vào một sốtháng mùa mưa gây ra úng lụt, tạo dòng
chảy lớn gây xói mòn đất; nhiệt độ xuống thấp vào mùa đông, thiếu ánh sáng, ẩm
ướt gây khó khăn cho phát triển sản xuất và đời sống của nhân dân. Tình trạng
khô hạn, không có nước tưới ở các xã phía bắc diễn ra khá thường xuyên.
Hai điểm xa nhất của huyện cách nhau trên 20km, tính theo đường bộ là
trên 30km, dù là một địa bàn nhỏ so với Tỉnh Phú Thọ tuy nhiên lại gặp nhiều
khó khăn về di chuyển như: địa hình thay đổi liên tục, nhiều gò, dốc; hệ thống
đường giao thông xuống cấp trầm trọng; các địa bàn đan xen;... ảnh hưởng rất
lớn đến việc di chuyển đến các cơ sở của cán bộ hội. Mặt khác, di chuyển không
thuận lợi khiến việc triệu tập, mời hội viên, nông dân đi dự họp, dự tập huấn.
Một sốvùng như Gia Thanh, Liên Hoa, Bảo Thanh,... có điều kiện tự nhiên
vô cùng khó khăn, cơ bản địa hình đồi núi, đất đai khô cằn, không có lợi thế so
sánh nên việc tham gia đối với những hộ tại đây kết quả không cao, hộkhông đủ
khả năng xây dựng phương án thực hiện, hoặc có phương án cải tạo nhưng kinh
phí rất lớn, không đủ nguồn lực hỗ trợ. Các địa phương có điều kiện thuận lợi cho phát triển nông nghiệp như Phú Lộc, Phú Nham, An Đạo, Tử Đà,... có địa
hình tương đối bằng phẳng, giao thương thuận lợi tuy nhiên lại đang được quy
hoạch để phát triển công nghiệp, hiện tại đã xây dựng xong cụm công nghiệp Tử
Đà – An Đạo, Cụm công nghiệp Rừng xanh diện tích gần 40ha, đang tiến hành
khảo sát xây dựng Khu công nghiệp Phù Ninh, khu công nghiệp Phú Gia với tổng diện tích quy hoạch đến 150ha, như vậy thời gian tới, diện tích đất cho sản xuất nông – lâm – ngư nghiệp sẽ giảm mạnh tại các địa phương này, lực lượng
lao động chính của các hộ sẽ được thu hút vào sản xuất tại các khu, cụm công nghiệp kéo theo sốlượng hội viên của Hội sẽ giảm mạnh thời gian tới. Như vậy, trong tình hình mới, đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa của địa phương, chuyển dịch mạnh mẽ từ nông nghiệp nông thôn lạc hậu sang sản xuất công nghiệp, sản xuất nông nghiệp hiện đại vừua là yếu tố thúc đẩy nếu tổ chức HND biết tận dụng thời cơ, nhưng vừa là yếu tố kìm hãm nếu HND vẫn duy trì phương
thức, cách thức hoạt động, tham gia không phù hợp với thực tiễn.
Một sốđịa phương có địa hình bị chia cắt nghiêm trọng bởi hệ thống đường
cao tốc, đường giao thông dẫn theo ruộng đồng bị chặn nguồn kênh mương,
không có lối tiêu thoát nước, đất đá vật liệu xô bồi làm biến chất thổ nhưỡng, ô nhiễm tiếng ồn,... ảnh hưởng nghiêm trọng đến các mô hình, dự án của hộ đang
triển khai. Các hộ xung quanh khu vực này mất đi sinh kế, dù đã được tổ chức
Hội tư vấn, định hướng, tham gia hỗ trợ để chuyển đổi cơ cấu kinh tế, ngành
nghề sản xuất tuy nhiên còn cần thời gian dài để những hộ này có thể ổn định
được mô hình sản xuất kinh doanh mới tiếp cận.
Phù Ninh có sông Lô chạy dọc theo chiều dài huyện từ Bắc xuống Nam; là ranh giới giữa huyện Phù Ninh với các huyện ở tỉnh Vĩnh Phúc và Tuyên Quang.
Tổng chiều dài phần sông chảy qua địa bàn huyện là 32 km, chảy từ xã Phú Mỹ
đến xã Vĩnh Phú. Trước đây phù sa sông Lô góp phần bồi đắp cho đồng ruộng
các xã Phú Mỹ, Trị Quận, Hạ Giáp, Tiên Du, An Đạo, Bình Bộ, Tử Đà và Vĩnh
Phú, là một trong những lợi thế so sánh lớn nhất của các xã phía Nam so với phía Bắc, tuy nhiên hiện nay do xói mòn, khai thác cát, sỏi trái phép đã làm biến mất
nguồn lợi tự nhiên quý giá này, đồng thời các hoạt động khai thác tài nguyên,
khoáng sản, dịch vụ hàng hóa cảng sống đã làm biến mất nhiều bờ, bãi màu mỡ
của huyện Phù Ninh. Nuối trồng thủy sản hiện nay chủ yếu sử dụng lồng bè trên sông, tuy nhiên vốn đâu tư rất cao, khoảng 100 đến 200 triệu đồng cho một lồng
nuôi đã khiến ngư nghiệp nhỏ lẻ trên địa bàn biến mất do không có nguồn lực
đầu tư. Các hoạt động tham gia của Hội cũng chỉ dừng lại ở tập huấn, chuyển
giao kỹ thuật nuôi trồng thủy sản, không duy trì được các nội dung dạy nghề hay
hỗ trợ nguồn vốn đối với ngành nghề này.