Lúa là cây trồng có phản ứng tốt với phân hoá học nên bón phân hoá học cho lúa có hiệu quả cao. Trong thâm canh lúa, bón phân hữu cơ chủ yếu ổn định hàm lượng mùn cho đất, tạo nền thâm canh có thể sử dụng các loại phân hữu cơ khác nhau, kể cả rơm rạ lúa sau khi thu hoạch.
Các loại phân đạm thích hợp cho lúa là phân đạm ure, amon. Urê đang trở thành loại phân đạm phổ biến đối với lúa nước vì có tỷ lệ đạm cao, lại rất thích hợp để bón trên các loại đất lúa thoái hoá. Phân đạm nitrat có thể bón thúc ở thời kỳđòng, đặc biệt hiệu quả khi bón trên đất chua mặn (Võ Minh Kha, 1996).
Đất chua trồng lúa, bón phân lân nung chảy thường cho kết quả ngang phân supe lân hay có thể cao hơn do trong điều kiện ngập nước cũng cung cấp cho lúa mà lại ít bị rửa trôi và còn cung cấp cả Silic, là yếu tố dinh dưỡng có nhu cầu cao ở cây lúa. Tuy nhiên nếu cần bón thúc lân và trồng lúa trên đất nghèo lưu huỳnh (đất bạc màu bón ít phân hữu cơ) thì phải dùng phân lân supe (Nguyễn Văn Bộ và cs., 1998).
Loại phân kali thích hợp bón cho lúa là kali clorua.
Ngoài ra, còn thường sử dụng các loại phân hốn hợp NPK, đặc biệt tốt là các loại phân chuyên dùng cho lúa, phù hợp với điều kiện của từng vùng đất trồng.
Khả năng chịu chua của cây lúa khá, nhưng ở đất quá chua cây lúa sinh trưởng kém, có thể do nhôm hoà tan gây ra vì hiện tượng ngộ độc nhôm ít thấy trên các loại đất có pH trên 5,5. Mặt khác sau khi đưa nước vào ruộng, đất có thể bị chua hơn, nên bón vôi là biện pháp quan trọng ởđất lúa nước quá chua và việc bón vôi phải được kết hợp với một chếđộ bón phân hợp lý thì mới thu được kết quả mong muốn nhất (Nguyễn Như Hà, 2006).