- Do quá trình đô thị hoá, công nghiệp hoá nên trong những năm tới quỹ đất nông nghiệp của thị xã sẽ giảm nhanh. Dự kiến tới năm 2020, quỹ đất sản xuất nông nghiệp của thị xã chỉ còn lại khoảng 3.858 ha, giảm hơn 940 ha so với năm 2016.
- Chuyển dịch cơ cấu cây trồng, vật nuôi thời gian qua đã có nhiều tiến triển, song chủ yếu là tự phát, quy mô nhỏ, tiềm ẩn nhiều yếu tố kém bền vững. Chăn nuôi phát triển mạnh song đang đặt ra nhiều vấn đề về ô nhiễm môi trường, kiểm soát và phòng chống dịch bệnh.
- Công tác dồn điền đổi thửa triển khai còn chậm, chưa đi sát với thực tế. Biện pháp tổ chức thực hiện còn chưa hiệu quả. Các HTX nông nghiệp hoạt động còn yếu kém, chưa đổi mới nội dung, phương thức hoạt động để thúc đẩy nông nghiệp phát triển.
- Khả năng đầu tư thâm canh thấp, thực tế nhiều nông hộ chưa đủ vốn để phát triển các mô hình kinh tế: nuôi bò sữa, cải tạo ao hồ, chuyển đổi thành lập trang trại sản xuất hàng hóa… Tập quán canh tác của nhiều nơi chậm đổi mới, nhận thức của một bộ phận nông dân về sản xuất hàng hoá còn hạn chế nên quá trình chuyển đổi cơ cấu sản xuất còn chậm.
- Công nghiệp chế biến chưa phát triển đủ để trở thành động lực thúc đẩy sản xuất nông nghiệp phát triển nhanh và bền vững.
- Các dịch vụ về sản xuất và tiêu thụ nông sản phẩm còn chưa kịp thời; chưa phát triển sản xuất và cung ứng các loại giống cây, con có năng suất cao, chất lượng tốt; năng lực của hệ thống thú y, bảo vệ thực vật, khuyến nông, xúc tiến thương mại, dự báo thị trường trung và dài hạn còn có nhiều hạn chế.
- Việc chuyển đổi kinh tế trang trại còn mang tính tự phát, không theo quy hoạch, chưa được quản lý chặt chẽ còn gây ô nhiễm môi trường ở một số khu dân cư, thiên tai, dịch bệnh còn nhiều tiềm ẩn.
- Ô nhiễm môi trường: việc phát triển, mở rộng sản xuất thường kéo theo vấn đề về môi trường, đặc biệt trong vấn đề xử lý chất thải của ngành chăn nuôi, hay sử dụng thuốc trừ sâu trong sản xuất trồng trọt.