Trong giai đoạn tới, cần có bước chuyển hóa cơ bản về kết cấu đầu tư để đáp ứng những nhiệm vụ cơ bản của chiến lược mới. Thủy lợi là lĩnh vực được đầu tư lớn nhất từ trước đến nay trong nông nghiệp, cần được điều chỉnh hướng vào phát triển các cây trồng và các hình thức sử dụng nước đa dạng (cây công nghiệp, ăn quả, nuôi trồng thủy sản …) phù hợp với lợi thế so sánh của từng vùng (miền núi, cao nguyên …), dành phần đầu tư thích ứng cho việc bảo trì, bảo dưỡn nâng cấp các công trình thủy lợi để tăng hiệu quả sử dụng nước, hiệu quả đầu tư công trình.
Huy động các nguồn vốn đa dạng để đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng như : giao thông, thông tin liên lạc, hệ thống điện, nước ở nông thôn. Kinh phí Nhà nước cấp cần tập trung vào xây dựng các trục giao thông, cầu, cảng quan trọng để kết nối liên vùng và khai thác thế mạnh của từng vùng, nhất là miền núi. Các địa phương và cộng đồng dân cư phối hợp đóng góp sức người sức của đầu tư hạ tầng ở cơ sở.
Tập trung đầu tư một số kết cấu hạ tầng quan trọng để phục vụ tiếp thị nông sản ở các vùng chuyên canh và các thị trường chính (như chợ đấu giá, bán buôn, sàn giao dịch cho thị trường giao sau, mạng lưới thông tin thị trường, các trung tâm trưng bày và giới thiệu sản phẩm, các phòng kiểm nghiệm tiêu chuẩn chất lượng …). Khuyến khích các thành phần kinh tế đầu tư phát triển các hệ thống vận tải chuyên dụng (như kho, xe, tàu lạnh, máy bay, các trạm trung chuyển gia súc …) phục vụ vận chuyển nông, lâm, hải sản.