Với mục tiêu phát triển một nền nông nghiệp hàng hóa hướng ra xuất khẩu, cấu hình thành cơ chế điều chỉnh tỷ giá hối đoái uyển chuyển theo giá trị thị trường, duy trì lãi suất tiết kiệm hợp lý để tăng khả năng tiết kiệm cho đầu tư, điều chỉnh các chính sách bảo vệ sản xuất nội địa một cách hợp lý trong các lĩnh vực phi nông nghiệp. Kiên quyết chấm dứt tình trạng giá cánh kéo nông sản bất lợi cho nông dân, từng bước thu hẹp khoảng cách giữa giá nông sản và giá các hàng hóa, dịch vụ khác.
Trên cơ sở xác định rõ ràng chức năng của ngành Nông nghiệp và phát triển nông thôn, các cơ quan trong ngành và sự phối hợp với các cấp chính quyền địa phương, xây dựng một mô hình tổ chức quản lý thích hợp, gắn với chức năng hoạt động cụ thể để tập trung sức mạnh của các cơ quan nhà nước vào làm tốt hơn công tác quản lý Nhà nước. Các Cục, Vụ và cơ quan tăng cường công tác nghiên cứu, xây dựng, giám sát thức hiện, đánh giá hiệu quả chính sách và các qui định chuyên môn của ngành (thanh tra giống, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y, phân hóa học, … vệ sinh thực phẩm, vệ sinh dịch tễ cho thú y và cây trồng, …). Làm tốt việc cung cấp các dịch vụ công như khuyến nông, kiểm tra, giám sát chất lượng tiêu chuẩn, thông tin thị trường và khoa học công nghệ, nghiên cứu khoa học, đào tạo cán bộ … Tiến hành phân cấp mạnh cho các cấp chính quyền địa phương về lập kế hoạch, quản lý, xét duyệt các dự án đầu tư và viện trợ phát triển, quản lý và giám sát tiêu chuẩn chất lượng, cung cấp dịch vụ công.
Điều phối các hoạt động nghiên cứu khoa học thông qua việc củng cố hệ thống các viện nghiên cứu chính và đầu tư kinh phí nghiên cứu theo các chương trình khoa học công nghệ có định hướng. Tổ chức nghiên cứu và xây dựng chiến lược phát triển kinh tế, khoa học công nghệ của cả nền kinh tế và từng lĩnh vực, từng ngành hàng, từng địa phương, phân tích và xây dựng hệ thống chính sách một cách khoa học và đồng bộ với các chiến lược phát triển.
Giảm bớt sự can thiệp và trực tiếp quản lý của các Bộ đối với các doanh nghiệp Nhà nước, bỏ chế độ chủ quản, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp hoạt động chủ động theo Luật doanh nghiệp. Mặt khác, tăng cường giám sát, kiểm soát về quản lý Nhà nước đối với các hoạt động sản xuất, kinh doanh của mọi thành phần kinh tế. Thu gọn và đầu tư cao cho các doanh nghiệp nhà nước trên một số lĩnh vực thật chọn lọc, mang tính sống còn với hoạt động kinh tế, xã hội của nước nhà, mà các thành phần kinh tế khác không có năng lực hoặc không thể kinh doanh.