- Vấn đề khó khăn hiện nay là việc cấp đổi GCN quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản gắn liền với đất. Bởi vì trƣớc kia, trong hồ sơ cấp GCN quyền sử dụng đất đều sử dụng số liệu bản đồ 299, phƣơng pháp đo vẽ chủ yếu là thủ công và máy móc thô sơ, hiện nay hệ thống bản đồ đã đƣợc số hóa hiện đại theo hệ tọa độ VN-2000. Đối chiếu với số liệu đƣợc cấp giấy trƣớc đây và số liệu đo đạc mới hiện nay thì diện tích của thửa đất có nhiều thay đổi, thƣờng là diện tích tăng
lên nhiều so với GCN đã cấp. Trong khi đó, căn cứ theo Luật Đất đai 2013 và các văn bản pháp luật hiện hành thì nếu diện tích thửa đất đƣợc tăng mà xác định là ranh giới có sự thay đổi thì bóc tách phần diện tích tăng lên để xem xét cấp giấy riêng trong khi căn cứ để xác định phần diện tích tăng lên đó lại không có. Vì vậy, đang xảy ra nhiều tranh cãi, ngƣời dân vẫn chƣa thực sự hài lòng, Sở Tài nguyên và Môi trƣờng đã có nhiều công văn hƣớng dẫn khắc phục vấn đề này, nhƣng nhìn chung huyện vẫn chƣa thực hiện tốt, ngƣời dân vẫn chƣa thực sự hài lòng, vì vậy việc hoàn tất hồ sơ cấp GCN hiện nay còn gặp rất nhiều khó khăn.
- Nhìn chung, việc cấp GCN quyền sử dụng đất vẫn còn chậm, chƣa đạt đƣợc tiến độ đề ra, trong đó khó khăn nhất là việc cấp GCN cho các hộ trƣớc đây đƣợc giao đất trái thẩm quyền. Tính đến tháng 12 năm 2015, có 207.266 thửa đất chƣa đƣợc cấp GCN, trong đó có hơn 144.000 thửa bị các quận, huyện để lại. Nguyên do là các thửa đất này có nguồn gốc sử dụng vi phạm, lấn chiếm, chuyển mục đích sử dụng trái phép, giao đất trái thẩm quyền...
- Trong quá trình thực hiện áp dụng trình tự, thủ tục để công nhận quyền sử dụng đất, cấp GCN cho các trƣờng hợp nêu trên còn phức tạp, nhiều thủ tục, các văn bản chính sách của Nhà nƣớc còn chung chung, thiếu cơ sở thực tiễn, kém đồng bộ với nhau nhƣ trƣờng hợp các hộ có nhu cầu cấp GCN có nguồn gốc đất giao không đúng thẩm quyền, chƣa có công trình xây dựng trên đất theo Quyết định 24/2014/QĐ-UBND thì không đƣợc xem xét công nhận quyền sử dụng đất và cấp
GCN, nhƣng khi xây dựng công trình thì bị Thanh tra xây dựng xử lý vi phạm do đất chƣa có GCN, giấy tờ hợp pháp theo qui định về trật tự xây dựng.
Các văn bản đƣa ra đều phải qua quá trình áp dụng thực tế và hầu hết đều phải sửa đổi bổ sung, thậm chí thay thế sau một thời gian không dài
- Thủ tục cấp GCN quyền sử dụng đất còn rƣờm rà, phức tạp, trải qua nhiều khâu trung gian làm giảm hiệu quả gây tốn kém về thời gian và làm giảm sút niềm tin của nhân dân. Bên cạnh đó nó còn tạo ra tâm lý ỷ lại, sự đùn đẩy trách nhiệm giữa các cơ quan thực hiện thủ tục hành chính.
- Đội ngũ cán bộ, công chức làm ở bộ phận cấp GCN quyền sử dụng đất, còn gây nhiều phiền hà cho ngƣời dân, hiện tƣợng quan liêu, hách dịch còn diễn ra