Tổ chức và hoạt động Thanh tra chuyên ngành Y tế chịu sự điều chỉnh, tác động của hệ thống pháp luật nói chung trong đó có pháp luật Y tế. Tuy nhiên, hệ thống pháp luật chuyên ngành Y tế cũng còn tồn tại như: quy định
không chỉ các tổ chức, cá nhân hoạt động thuộc phạm vi QLNN của ngành mà các cơ quan có thẩm quyền quản lý khi thực thi nhiệm vụ cũng gặp vướng, đồng thời cũng tạo ra sơ hở để các tổ chức, cá nhân lách luật, trục lợi. Vì vậy, cần khẩn trương hoàn thiện hệ thống pháp luật nói chung, pháp luật chuyên ngành Y tế nói riêng, bảo đảm tính đồng bộ, thống nhất, khả thi với pháp luật về thanh tra chuyên ngành Y tế, tạo ra môi trường pháp lý thuận lợi cho hoạt động của các cơ quan, tổ chức, cá nhân, là căn cứ pháp lý vững chắc để bảo đảm thực hiện pháp luật về thanh tra chuyên ngành Y tế. Đây cũng là nội dung chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Quyết định số 2176/QĐ-TTg ngày 4/12/2014 phê duyệt Đề án nâng cao năng lực Thanh tra Y tế đến năm 2020. Đối với vấn đề hoàn thiện pháp luật về tổ chức và hoạt động thanh tra chuyên ngành nói chung và Thanh tra chuyên ngành Y tế, cần quán triệt sâu sắc quan điểm hoàn thiện pháp luật về tổ chức và hoạt động thanh tra của Bộ Chính trị tại Nghị quyết số 48-NQ/TW ngày 24/5/2005 về Chiến lược xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật Việt Nam đến năm 2010, định hướng đến năm 2020. Cùng với đó là những quan điểm định hướng của Đảng, Nhà nước về công tác Thanh tra, về công tác chăm sóc, bảo vệ và nâng cao sức khỏe nhân dân và yêu cầu cần thiết phải nâng cao hiệu quả hoạt động của thanh tra chuyên ngành Y tế. Hoàn thiện và cụ thể hóa các văn bản hướng dẫn, quy trình công tác thanh tra, trước hết là đối với các lĩnh vực trọng tâm, trọng điểm. Hoàn thiện pháp luật về tổ chức và hoạt động thanh tra chuyên ngành Y tế cần xuất phát từ nhận thức về bản chất, vị trí, vai trò của công tác thanh tra, thanh tra chuyên ngành và thanh tra chuyên ngành Y tế đối với công tác QLNN nói chung và QLNN nói riêng trên cơ sở tổng kết, đánh giá thực tiễn, các yếu tố tác động đến hoạt động của các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành.
Cần nghiên cứu, khắc phục những bất cập trong trình tự, thủ tục thanh tra chuyên ngành Y tế, hoàn thiện quy trình thanh tra chuyên ngành đối với các lĩnh vực trong phạm vi quản lý của ngành để tập trung áp dụng đồng bộ, thống nhất. Qua nghiên cứu cho thấy, quy định về trình tự, thủ tục hoạt động thanh tra chuyên ngành Y tế hiện chỉ phù hợp với hoạt động thanh tra hành chính, thanh
chuyên ngành Y tế. Bên cạnh đó, trong một số hoạt động thanh tra chuyên ngành theo kế hoạch, quy định về việc phải gửi quyết định thanh tra đến đối tượng thanh tra trước khi tiến hành thanh tra đã đánh động khiến đối tượng thanh tra xóa dấu vết vi phạm, gây khó khăn cho hoạt động thanh tra. Ngoài ra, quy định về việc công bố quyết định thanh tra trước khi thanh tra đột xuất cũng gây nên những trở ngại tương tự.
3.2.2. Kiện toàn tổ chức bộ máy, nâng cao năng lực trình độ đội ngũ cán bộ thanh tra Sở Y tế