Bên cạnh những kết quả đạt được, ngành Nông nghiệp và PTNT Lào Cai còn có những hạn chế, yếu kém như:
- Về xây dựng và thực thi chiến lược, quy hoạch, kế hoạch trong chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp: Sự tham gia vào các chiến lược, quy hoạch quản lý và phát triển SXNN của nhiều cơ quan, đơn vị rất hạn chế, thiếu chuyên nghiệp, tư duy chưa được đổi mới, dẫn tới chất lượng quy hoạch, kế hoạch thấp, khi triển khai không đáp ứng được yêu cầu thực tiễn ảnh hưởng tới QLNN ngành Nông nghiệp & PTNT. Việc xây dựng và tổ chức SXNN tại các địa phương thiếu đồng bộ, quy hoạch dễ bị phá vỡ, ảnh hưởng tới sự phát triển bền vững của ngành. Nguồn vốn bố trí cho thực hiện quy hoạch, kế hoạch không đáp ứng được, mức đầu tư thấp nên không phát huy được lợi thế của ngành.
- Về xây dựng và thực thi hệ thống pháp luật đối với CDCCKTNN. Công tác xây dựng văn bản QPPL, chương trình, đề án, dự án của ngành Nông nghiệp chất lượng chưa cao, chưa theo kịp với yêu cầu của phát triển sản xuất, dẫn tới hiệu lực, hiệu quả thực hiện nhiệm vụ QLNN trong CDCCKTNN còn thấp.
- Về xây dựng và thực thi chính sách phát triển, thúc đẩy CDCCKTNN. Nhiều cơ chế chính sách chưa phù hợp với thực tế, dẫn tới việc quản lý, tổ chức các “Nhà” trong chuỗi liên kết SXNN và tiêu thụ nông sản còn hạn chế; công tác quản lý chất lượng vật tư đầu vào và vệ sinh ATTP chưa đáp ứng được yêu cầu.
- Hệ thống bộ máy QLNN ở cấp cơ sở (cấp xã) còn rất hạn chế, do năng lực cán bộ, dẫn đến sự chỉ đạo của cấp trên đến cấp cơ sở, người dân không thông suốt, hiệu quả thấp. Sự phối hợp giữa các cơ quan, đơn vị trong nội bộ ngành nông nghiệp chưa nhịp nhàng, gây ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh. Công tác tham mưu triển khai và giải quyết công việc của công chức tại một số cơ quan, đơn vị ở các cấp QLNN còn yếu, thiếu kinh nghiệm thực tiễn, chậm tiếp cận tiến bộ KHCN và cách thức quản lý mới.
- Công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát của Nhà nước về chuyển dịch cơ cấu kinh tế ngành nông nghiệp còn hạn chế: Quản lý chất lượng VTNN bảo đảm vệ sinh ATTP vẫn còn nhiều bất cập gây nhiều bức xúc trong xã hội. Việc đầu tư máy móc, thiết bị phương tiện kĩ thuật tiên tiến phục vụ hoạt động giám sát, kiểm nghiệm, kiểm tra chưa được quan tâm đúng mức; dẫn tới khó kiểm soát chất lượng VTNN đầu vào và sản phẩm nông sản đầu ra theo yêu cầu tiêu dùng khó nâng cao sức cạnh tranh hàng hóa nông sản.