Quy trình, thủ tục trong quá trình giải quyết khiếu nại nói chung, giải quyết khiếu nại về đất đai nói riêng chính là những việc mà người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại và các bên có liên quan phải thực hiện theo trật tự về mặt thời gian đã được pháp luật về khiếu nại quy định. Quy trình, thủ tục giải quyết khiếu nại nói chung có ba chức năng cơ bản: (i) Là cơ chế để đảm bảo thực hiện quyền khiếu nại của người khiếu nại; (ii) Là những việc mà khi thực hiện nó sẽ giúp đạt tới phương án giải quyết khiếu nại hợp pháp và hợp lý nhất; (iii) Là những việc mà khi thực hiện nó sẽ giúp đảm bảo sự công bằng cho những người khiếu nại không phân biệt giới tính, dân tộc, tôn giáo, địa vị xã hội… và tránh sự tùy tiện của người có thẩm quyền trong quá trình giải quyết khiếu nại. Đây là ba chức năng của quy trình, thủ tục giải quyết khiếu nại với điều kiện các quy trình, thủ tục đó phải hợp pháp và hợp lý.
Thực tế thời gian qua cho thấy người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại về đất đai vì một số lý do đã bỏ qua hoặc thực hiện đúng, không đầy đủ và không chính xác nhiều bước trong quy trình, thủ tục giải quyết khiếu nại. Cụ thể, trong một số trường hợp người có thẩm quyền không thông báo thụ lý giải quyết khiếu nại cho người khiếu nại; không tổ chức đối thoại khi kết quả thẩm tra, xác minh khác với yêu cầu của người khiếu nại trong quá trình giải quyết khiếu nại lần đầu; không tổ chức đối thoại trong quá trình giải quyết khiếu nại lần hai hoặc nếu tổ chức đối thoại, người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại ủy quyền cho những người không có thẩm quyền đối thoại, dẫn đến việc đối thoại không đạt được kết quả, vì vậy không phản ánh đúng tinh thần của hoạt động đối thoại trong quá trình giải quyết khiếu nại theo quy định của Luật Khiếu nại 2011; ban hành quyết định giải quyết khiếu nại dưới dạng thông báo, công văn thay vì theo đúng mẫu quyết định giải quyết khiếu nại đã được quy định bởi Thông tư số 07/2013/TT-TTCP; không tuân thủ thời hạn giải quyết khiếu nại, trên thực tế số vụ việc khiếu nại về đất đai được giải quyết đúng hạn theo quy định của pháp luật về khiếu nại không nhiều...
Về phía người khiếu nại, thực tế cho thấy người khiếu nại trong nhiều trường hợp đang là chủ thể “vi phạm” phổ biến các quy định về quy trình, thủ tục giải quyết khiếu