Một số chất trung gian hình thành trong quá trình quang xúc tác phân hủy RhB đƣợc xác định bằng sắc kí lỏng LC/MS-MS. Sắc ký lỏng hiệu năng cao là một phƣơng pháp hóa lý dựa vào ái lực khác nhau của các chất giữa hai pha luôn tiếp
xúc với nhau. Pha động là chất lỏng chảy qua cột với một tốc độ nhất định dƣới áp suất cao còn pha tĩnh là chất nhồi cột làm nhiệm vụ tách hỗn hợp chất phân tích, đó là những chất rắn, xốp và kích thƣớc hạt rất nhỏ, từ 3 - 7 μm. Một số loại detector dùng trong HPLC nhƣ: etector quang phổ hấp thụ phân tử (UV-VIS), detector huỳnh quang (RF), detector độ dẫn, detector mảng diot (DAD), detector khối phổ (MS).
Trong những năm gần đây, phƣơng pháp HPLC với cột tách pha đảo đã đóng một vai trò vô cùng quan trọng trong việc tách và phân tích các chất trong mọi lĩnh vực khác nhau, nhất là trong việc tách và phân tích lƣợng vết các chất. Đối với phân tích hàm lƣợng vết, detector khối phổ (MS) là một sự lựa chọn ƣu tiên do có thể phát hiện và phân tích chất trong các đối tƣợng phức tạp.
Sắc ký lỏng hai lần khối phổ (LC/MS-MS) gồm một máy sắc ký lỏng hiệu năng cao đƣợc ghép nối tiếp với một thiết bị hai lần khối phổ MS-MS thông qua buồng ion hóa ESI (electron spray ionization). Buồng ion hóa bao gồm đầu ion hóa ESI Probe và buồng truyền dẫn ion-Ion Optic. Đây là bộ phận có nhiệm vụ ion hóa và truyền dẫn các ion của chất phân tích từ cột sắc ký vào các tứ cực, loại bỏ các chất bẩn và dung môi. Thông số quan trọng nhất của buồng ion hóa là nhiệt độ của ống mao quản (capillary temperature), nhiệt độ này có tác dụng hóa hơi dung môi, giảm sự hình thành các giọt dung môi trong buồng phân tích, do đó tăng cƣờng tín hiệu đến detector. Mẫu phân tích sau khi xử lý loại bỏ các chất gây nhiễu đƣờng nền, đƣợc bơm vào LC/MS-MS, dựa vào ái lực của cấu tử giữa pha tĩnh thƣờng là chất rắn và pha động (lỏng) mà mỗi cấu tử sẽ đƣợc rửa giải ra khỏi cột theo thứ tự khác nhau. Cấu tử ra khỏi cột đƣợc đƣa vào đầu dò MS và ở đây cấu tử đƣợc ion hóa, phân mảnh và đƣợc phát hiện dựa trên thông số m/z.
Trong luận án này, các chất trung gian xuất hiện trong quá trình phân hủy RhB đƣợc xác định bằng phƣơng pháp bẫy ion kết hợp với khối phổ ion hóa ESI trên khối phổ kế bẫy ion LC-MSD-Trap-SL Agilent 1100 tại Viện Hóa học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam.