Về hệ thống các văn bản pháp luật hay thay đổi, hay bổ sung, nhiều loại văn bản quy phạm pháp luật cũng như văn bản hướng dẫn thực hiện được ban hành nên bị chồng chéo, giải quyết theo sự vụ, nội dung chưa cụ thể.
Về hồ sơ đất đai: hệ thống hồ sơ địa chính được lưu trữ ở huyện Yên Lạc không được đầy đủ, thất lạc, không cập nhật chỉnh lý thường xuyên do đó khó khăn trong việc quản lý và khai thác sử dụng.
Khi thực hiện chuyển quyền sử dụng đất có tiến hành kiểm tra xác minh thì phát hiện GCN có thông tin sai sót, ranh giới thửa đất thay đổi nên phải xử lý trước khi thực hiện chuyển quyền, mất nhiều thời gian.
Trong quá trình tổ chức thực hiện, còn một số tồn tại như chuyển quyền QSDĐ nông nghiệp không đăng ký với cơ quan nhà nước có thẩm quyền do sự chủ quan của người sử
dụng đất. Mọi người khi tham gia giao dịch đất đai không thực hiện trọn vẹn nghĩa vụ với nhau. Các chủ thể tham gia thực hiện hợp đồng viết tay, không có công chứng, chứng thực. Tâm lý ngại làm thủ tục và chủ quan rằng chỉ cần thoả thuận giữa hai bên, không gây tranh chấp thì chính quyền không can dự vào của người dân khiến cho các nhà quản lý khó kiểm soát được tình hình và gây khó khăn trong công tác quản lý nhà nước vềđất đai và các công tác khác có liên quan, gây lãng phí cho Nhà nước và nhân dân.
Việc luân chuyển hồ sơ qua nhiều cơ quan thẩm định như UBND xã xác nhận
đơn, biên bản xác minh, sang cơ quan thuế xác định nghĩa vụ tài chính, phòng Tài nguyên và Môi trường, VPĐK tỉnh nên ảnh hưởng đến thời gian giải quyết hồ sơ, 1 cơ quan chậm là dẫn tới hồ sơ chậm do vậy không tránh khỏi việc chậm giải quyết theo thời gian thủ tục hành chính.
Một số hồ sơ trong quá trình thẩm định phát hiện nhiều vấn đề giải quyết như
vi phạm sử dụng đất, ranh giới thửa đất có thay đổi do chuyển quyền sử dụng đất mà chưa làm thủ tục với nhà nước, do một phần diện tích chưa được xem xét cấp giấy chứng nhận nên phải cấp lần đầu phần diện tích tăng thêm, đất bị thu hồi một phần diện tích nhưng chưa làm thủ tục đăng ký biến động...Do vậy hồ sơ bị phức tạp hơn so với chuyển quyền thông thường, mất nhiều thời gian giải quyết.
Điều kiện phòng làm việc, kho lưu trữ và trang thiết bị, máy móc phục vụ
công tác chuyên môn còn rất khó khăn do phòng làm việc nhỏ, kho lưu trữ chật hẹp quá tải hồ sơ lưu trữ. Máy móc xuống cấp sử dụng hết khấu hao nên ảnh hưởng đến chất lượng công việc.
Khi thực hiện cấp GCN theo bản đồ dạng số VN 2000 thì địa bàn huyện Yên Lạc được đo BĐĐC theo hiện trạng từ năm 2007 đến nay đã biến động rất nhiều, không được cập nhật chỉnh lý thường xuyên do vậy nhiều trường hợp phải đo đạc lại; Hiện trạng sử dụng đất biến động so với hồ sơ do vậy lấy ý kiến UBND xã, thị
trấn về lý do biến động, nguyên nhân tăng giảm diện tích, tình trạng tranh chấp, phù hợp với QH...
Công tác xác minh thực địa gặp khó khăn khi thực hiện lập biên bản thống nhất ranh giới sử dụng đất do tranh chấp đất đai, các chủ sử dụng giáp ranh vắng mặt do đi làm ăn xa …; người sử dụng đất chậm nộp nghĩa vụ tài chính khi nhận
được thông báo từ cơ quan thuế …
Còn có nhiều giấy chứng nhận cấp không đúng trình tự thủ tục, cấp không
đúng đối tượng do đó phải chuyển cơ quan thanh tra cùng cấp giải quyết, ra kết luận và trình thu hồi giấy chứng nhận QSD đất, sau đó mới cấp lại giấy chứng nhận, do vậy mất rất nhiều thời gian giải quyết, người dân phải chờ đợi, gây bức xúc trong nhân dân.