Nhận thức được vai trò của cây thuốc và các mối đe doạ sự phát triển lâu bền của chúng trong tự nhiên, Nguyễn Tập và các cán bộ Viện Dược liệu đã nghiên cứu xây dựng Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam làm cơ sởđể xác định các loài cần ưu bảo tồn, cụ thể: Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam được biên soạn tương đối hoàn chỉnh lần
đầu tiên vào năm 1996 bao gồm 128 loài thuộc 59 họ thực vật bậc cao có mạch. Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam năm 2001 (lần thứ 2) đã được xây dựng, với tổng số 114 loài, đánh giá theo tiêu chuẩn khung phân hạng IUCN (1994). Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam 2006 (lần thứ 3) được công bố gồm 139 loài thuộc 58 họ thực vật bậc cao có mạch. Tất cả các loài trong Danh lục Đỏ được đánh giá theo khung phân hạng IUCN (2001). Đến năm 2007, nâng số loài trong Danh lục Đỏ cây thuốc Việt Nam lên 144 loài, thuộc 58 họ thực vật bậc cao có mạch. Trong cuốn cẩm nang này, thuộc ngành Lá thông (Psilotophyta): 1 loài; ngành Thông đất (Lycopodiophyta): 1 loài; ngành Dương xỉ (Polypodiophyta): 2 loài; ngành Thông (Pinophyta): 17 loài; ngành Ngọc lan (Magnoliophyta): 123 loàị Tất cả các loài trong Danh lục Đỏ đã được đánh giá về
mức độ bị đe dọa theo IUCN (2001) cụ thể như sau: Thuộc cấp CR (Critically Endangered) có 18 loàị Thuộc cấp EN (Endangered) có 57 loàị Thuộc cấp VU (Vulnerable) có 69 loài (Nguyễn Tập và cs, 2004).
Bảo tồn nguyên vị các loài cây thuốc tại các khu bảo tồn là hình thức chủ yếu ở
Việt Nam trong thời gian vừa quạ Sau ngày thống nhất đất nước, hệ thống các khu bảo tồn được dần dần mở rộng, bổ sung và hoàn thiện cả về quy mô diện tích, và hệ thống quản lý bảo vệ. Hệ thống các khu bảo tồn của Việt Nam hiện nay có 211 khu, bao gồm: Các khu bảo tồn rừng (khu rừng đặc dụng) thuộc Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn đang quản lý là: 128 khu (đã được Chính phủ công nhận); Các khu bảo tồn biển do Bộ Thủy sản đề xuất là: 15 khu; Khu bảo tồn đất ngập nước do Bộ Tài nguyên và môi trường đề xuất: 68 khụ Các khu bảo tồn đất ngập nước và trên biển hiện mới chỉ
mới đề xuất, nhưng chưa có quyết định phê duyệt chính thức.
Hiện nay xu hướng bảo tồn cây thuốc đang được triển khai nghiên cứu tại nhiều Vườn quốc gia (VQG) và Khu bảo tồn thiên nhiên (KBTTN) của Việt Nam (VQG Jork
trình đang được triển khai trong thời gian hiện nay, điển hình như:
Trần Văn Ơn đã xây dựng cơ sở khoa học và mô hình bảo tồn cây thuốc tại cộng đồng người Dao VQG Ba Vì, trên cơ sở nghiên cứu các cây thuốc bị thu hái quá mức.
Nguyễn Thị Thuỷ nghiên cứu bảo tồn cây thuốc tại cộng đồng người Hmông, Dao của VQG Hoàng Liên Sơn,...
Trong những năm qua nhiều đề tài nghiên cứu bảo tồn chuyển vị cây thuốc đã
được triển khai ở Việt Nam. Các công trình chủ yếu vào nghiên cứu bảo tồn một số loài cây thuốc có giá trị kinh tế cao hiện đang bịđe doạ trong tự nhiên, điển hình như:
Dự án Bảo tồn nguồn cây thuốc cổ truyền đã được Bộ Y tế giao cho Viện Dược liệu chủ trì thực hiện từ năm 1997. Trải qua 12 năm thực hiện dự án, Viện Dược liệu đã thu thập hơn 500 loài cây thuốc, đem về trồng, nhân giống ở các vườn cây thuốc. Đặc biệt là 65 loài có nguy cơ cao đã được trồng tại: Vùng Sa Pa (8 vườn); khu vực Vườn Quốc gia Bạch Mã (4 vườn); Yên Bái (2 vườn); Nghệ An (1 vườn); Hòa Bình (1 vườn); Thanh Hóa (1 vườn); Lạng Sơn (4 vườn); Hà Giang (1 vườn); Vĩnh Phúc (1 vườn); Hà Nội (1 vườn). Ngoài ra, còn tổ chức đào tạo, tập huấn và truyền thông cho người dân để nâng cao nhận thức về bảo tồn, sử dụng nguồn tài nguyên cây thuốc nói chung và cây thuốc dân tộc nói riêng. Đồng thời bảo tồn được tri thức bản địa về sử
dụng các loài cây thuốc chữa bệnh của cộng đồng dân tộc Việt Nam (Ngày 10/4/2010, Viện Dược liệu đã tổ chức Hội thảo Tổng kết 12 năm thực hiện dự án Bảo tồn nguồn cây thuốc cổ truyền).
Lưu Đàm Cư và cộng sự đã nghiên cứu và đưa vào bảo tồn dưới hình thức chuyển vị hơn 40 loài cây thuốc trong vườn rừng của các dân tộc thiểu số tỉnh Lào Caị Mô hình này hiện đang được ứng dụng và nhân rộng tại các tỉnh Sơn La, Hà Giang, Lạng Sơn.
Dự án “Bảo tồn nguồn gen cây thuốc Nam”, tại xã Bình Dương (Vĩnh Tường, Vĩnh Phúc) được tiến hành năm 1999 do Quỹ Môi trường toàn cầu tài trợđã: vận động trên 800 hộ xây dựng vườn thuốc gia đình, gieo trồng 70 loài cây thuốc có giá trị kinh tế; xây dựng mô hình trồng cây thuốc dưới tán cây; mô hình trồng xen cây thuốc với cây ăn quả; xây dựng được một vườn bảo tồn cây thuốc Nam tại khu lưu niệm Bác Hồ
(thôn Lạc Trung). Tổng diện tích cây thuốc năm 1999 là 20.366 m2, năm 2000 tăng hơn gấp đôi, 43.896m2. Ngoài ra còn trồng xen ghép 8 loài cây thuốc có giá trị kinh tế
như: Địa liền, Nghệ đen, Mã đề, Hoài Sơn, Cúc hoa, Bạch chỉ, Ngưu tất, Nhãn trên diện tích 4.440m2… (Quỹ Môi trường toàn cầu, 1999)
Dự án "Vườn thuốc nam” do Hội Thanh niên Việt Nam tại Pháp tài trợ (tháng 2/2010) đã xây dựng, bảo tồn và phát triển mạng lưới vườn dược thảo, gồm những cây thuốc quý tại 5 xã của huyện A Lưới tỉnh Thừa thiên Huế là: Bắc Sơn, Hồng Trung,
Đông Sơn, Hồng Thái và Hồng Thượng. Vườn thuốc nam đã trở thành "tủ thuốc" chăm sóc sức khỏe ban đầu hữu hiệu cho người dân ở đâỵ.. (Hội Thanh niên Việt Nam tại Pháp, 2010)
Ngoài hai biện pháp trên, còn có rất nhiều biện pháp khác nhằm mục đích góp phần bảo tồn các loài cây thuốc ở Việt Nam, như:
Biện pháp về giáo dục, bao gồm: xây dựng nguồn nhân lực, mở rộng các hoạt
động truyền thông và nâng cao nhận thức vềđa dạng sinh học;
Biện pháp về quản lý, bao gồm: quản lý vùng đệm, bảo tồn đa dạng sinh học dựa vào cộng đồng, giảm sức ép về dân số;
Bảo tồn đa dạng cây thuốc bằng công cụ luật pháp: tại Việt Nam, các quy định pháp luật về bảo vệđa dạng sinh học, trong đó có cây thuốc được hình thành khá sớm. Sắc lệnh số 142/SL do Chủ tịch Hồ Chí Minh ký ngày 21/12/1949 quy định việc kiểm soát lập biên bản các hành vi vi phạm pháp luật bảo vệ rừng có thểđược coi là văn bản pháp luật đầu tiên đề cập đến vấn đề nàỵ Hiện nay, Việt Nam có luật Đa dạng Sinh học được Quốc hội thông qua ngày 13/11/2008. Ngoài ra còn nhiều bộ luật và văn bản liên quan khác, như: Luật Bảo vệ Môi trường (năm 2005); Luật Thương mại (năm 2005); Luật Lâm nghiệp (năm 2017); Luật Thủy sản (năm 2003); Bộ luật Hình sự (năm 2015); Nghị Định 109/2003 ngày 23/9/2003 về bảo tồn và phát triển bền vững các vùng đất ngập nước; Kế hoạch hành động vềĐDSH của Việt Nam đến năm 2015 và
định hướng đến năm 2020,…
Với nỗ lực của các nhà nghiên cứu, nhiều loài cây thuốc có nguy cơ bị tuyệt chủng trong tự nhiên đã được nhân giống và trồng cấy với số lượng cá thể khá lớn (Coptis spp., Berberis spp.), một số loài đã được phát triển thành hàng hoá và thoát
khỏi nguy cơđe doạ (Valeriana jatamansi,...) (Đỗ Huy Bích và cs, 2006).
Bảo tồn cây thuốc là một lĩnh vực quan trọng và gặp nhiều khó khăn, nhất là đối với một quốc gia đang phát triển như Việt Nam. Tuy công tác bảo tồn đã thu được nhiều kết quả khả quan, tuy nhiên đứng trước nhu cầu sử dụng ngày càng cao về dược liệu từ thiên nhiên và sự khan hiếm dược liệu do các yếu tố khách quan, chủ quan mang lại thì cần thiết phải có những nghiên cứu nhằm phát triển bền vững nguồn gen,
đưa cây dược liệu trở thành cây trồng hàng hóa, phục vụ cho nhu cầu sử dụng dược liệu của người dân.