Bảo hiểm xã hội Thành phố Hồ Chí Minh được thành lập và chính thức đi vào hoạt động từ tháng 06 năm 1995 với chức năng nhiệm vụ là thực hiện thu bảo hiểm xã hội, giải quyết và chi trả các chế độ bảo hiểm xã hội cho người tham gia bảo hiểm xã hội trên địa bàn Thành phố.
Ngày 24/01/2002, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 20/2002/QĐ-TTg ngày 24/01/2002 về việc chuyển Bảo hiểm y tế Việt Nam sang
Bảo hiểm xã hội Việt Nam; ngày 06/12/2002, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 100/2002/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
Như vậy, từ năm 2003 (sau khi sáp nhập bảo hiểm y tế vào bảo hiểm xã hội), ngoài việc thực hiện các chế độ bảo hiểm xã hội theo Nghị định 12/CP ngày 26/01/1995 của Chính phủ cho đến khi có Luật Bảo hiểm xã hội số 71/2006/QH11 ngày 29/06/2006 và tiếp theo là Luật Bảo hiểm xã hội số 58/2014/QH13 ngày 20/11/2014, Bảo hiểm xã hội Thành phố Hồ Chí Minh đảm nhận thêm nhiệm vụ thực hiện chế độ bảo hiểm y tế cho các đối tượng tham gia bảo hiểm y tế trên địa bàn Thành phố theo quy định.
Bảo hiểm xã hội Thành phố Hồ Chí Minh là cơ quan Nhà nước, chịu sự quản lý trực tiếp, toàn diện của Bảo hiểm xã hội Việt Nam, chịu sự quản lý Hành chính Nhà nước của Uỷ ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh. Có chức năng giúp Tổng giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam tổ chức thực hiện chính sách, chế độ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế; quản lý, bảo toàn và phát triển quỹ bảo hiểm xã hội, quỹ bảo hiểm y tế (sau đây gọi chung là bảo hiểm xã hội) trên địa bàn Thành phố.