Như đã trình bày trong chương 1 thì thất thu thuế do những nguyên nhân sau: Nguyên nhân khách quan: Chính sách pháp luật về thuế; Áp dụng hệ thống thông quan điện tử, thông quan tự động Vnaccs/Vcis trong công tác quản lý thuế nhập khẩu; Chính sách miễn thuế xuất nhập khẩu (XNK) chưa rõ ràng, gây khó khăn cho công tác quản lý thuế.
Nguyên nhân chủ quan: Công chức Hải quan trong công tác quản lý thuế nhập khẩu; Sự phối hợp giữa các đơn vị trong nội bộ Cục Hải quan; Ý thức chấp hành pháp luật của DN; Thất thu do khe hở của chính sách thuế.
Thực tế cho thấy, theo kết quả tìm hiểu của cục hải quan Long An thì nguyên nhân thất thu thuế chủ yếu do 2 nguyên nhân sau:
Thứ nhất, do chính sách pháp luật: Thuế là công cụ điều tiết vĩ mô của Nhà nước đối với nền kinh tế, do đó để thực hiện chính sách bảo hộ, khuyến khích sản xuất trong nước và khuyến khích xuất khẩu, pháp luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có các quy định khuyến khích hoặc hạn chế việc xuất khẩu, nhập khẩu đối với một số hàng hóa. Sự khuyến khích hoặc hạn chế này thể hiện tập trung ở biểu thuế áp dụng có tính chất phân biệt đối với các loại hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, do đó nếu không có những nghiên cứu cụ thể sẽ gây ra những thất thu thuế tiềm năng. Với những giai đoạn có sự thay đổi trong chính sách như vậy, cơ quan Hải quan là đơn vị thực thi việc thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu sẽ căn cứ vào các văn bản quy định để tính và đề xuất các chính sách thu thuế phù hợp. Chính vì vậy môi trường kinh tế cũng ảnh hưởng đến quản lý thu thuế xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa. Thực tế chứng minh qua các cuộc kiểm tra sau thông quan hay thanh tra mà Cục hải quan Long An thực hiện (số liệu thu thuế thất thu bản 2.3 và 2…) thì hơn 90% số thuế thất thu phát sinh là do nguyên nhân về chính sách, DN lợi dụng các chính sách khuyến khích đầu tư, ưu đãi thuế, chuyễn từ tiền kiểm sang hậu kiểm là nguyên nhân chính.
Thứ hai, do sự phối hợp giữa các đơn vị trong nội bộ Cục Hải quan chưa tốt: Không kiểm soát hết được theo quy trình, dẫn đến nhiều doanh nghiệp lợi dụng ưu đãi quốc gia, lãnh thổ để gian lận các chứng nhận xuất xứ gây thất thu thuế xuất khẩu, nhập khẩu.