Thẩm định dự án đầu tu là tập hợp của nhiều hoạt động nghiệp vụ từ các phòng ban khác nhau nhung lại có sự phối hợp, liên kết chặt chẽ với nhau. Vì vậy và việc sắp xếp, tổ chức để các bộ phận hoạt động một cách thuận lợi, kết hợp với nhau một cách nhịp nhàng, hỗ trợ nhau cho một thể thống nhất là rất cần thiết để nâng cao chất luợng thẩm định dự án. Tuy Chi nhánh đã hoạt động khá hiệu quả với mô hình tổ chức và quản lý nhu hiện tại nhung vẫn cần có nhữngđiều chỉnh về hình thức quản lý và mô hình tổ chức để phù hợp với điều kiện hoạt động hiện nay.
Một trong những giải pháp nên được thực hiện luôn là đẩy mạnh hơn nữa tính chuyên môn hóa của các phòng ban, đơn vị. Chi nhánh nói chung và phòng khách hàng doanh nghiệp nói riêng cần quan tâm nhiều đến vấn đề chuyên môn hóa cho từng thành phần của đơn vị mình. Cho đến nay các cán bộ thẩm định thường phải phụ trách tất cả các công việc trên gây ra sự mất tập trung và không thể kiểm soát hết các vấn đề nảy sinh, dẫn đến chất lượng công việc không cao.
Nên có từng phòng ban chuyên biệt cho công tác thẩm đinh, phụ trách riêng từng nội dung thẩm định và có sự theo dõi chéo giữa các phòng ban để đảm bảo tính khách quan và toàn diện cho kết luận thẩm định cũng như tránh sự thông đồng trong quá trình thẩm định giữa các chuyên viên trong cùng một bộ phận.
Thêm vào đó, với mỗi dự án, người có trách nhiệm đưa ra quyết định cuối cùng nên tham gia công tác thẩm định ngay từ đầu ở mức độ nào đó để đảm bảo sự sát sao khi đưa ra quyết định cho vay. Hiện nay đang tồn tại sự khập khiễng diễn ra trong công tác quyết định cho vay khi cán bộ thẩm định là người đi xuyên suốt quá trình thẩm định dự án trong khi cấp trên của họ mới là những người đưa ra quyết định phê duyệt dựa trên báo cáo thẩm định.