Như đã phân tích ở trên, về khung bộ máy Khối TĐ & PDTD và quy trình thẩm định đã hoàn thiện tuy nhiên về cách thức tổ chức bên trong có nhiều sự thay đổi. Cụ thể, trước thời điểm tháng 12/2016, Khối TĐ & PDTD bao gồm Trung tâm thẩm định Miền Bắc, Trung tâm thẩm định Miền Nam và Trung tâm thẩm định Miền Trung. Trong mỗi trung tâm sẽ bao gồm 3 phòng Thẩm định KHCN, CIB và SME. Tuy nhiên, mô hình hiện tại đã thay đổi đáng kể, thay vì chia thành 3 trung tâm theo miền, là sự phân chia theo trục dọc: Line KHCN, Line SME, Line CIB và trong mỗi line mới phân chia về phòng Bắc, Trung, Nam. Và để có cơ cấu như hiện tại, Khối T & PDTD đã nhiều lần thay đổi tách, nhập các phòng ban, bộ phận. Việc thay đổi thường xuyên này gây ảnh hưởng không nhỏ đến sự ổn định trong công tác thẩm định.
ể ổn định công tác thẩm định, Khối T & PDTD cần có chiến lược dài hạn, tham khảo các TCTD khác hoặc các tổ chức tư vấn nước ngoài để xây dựng một cơ cấu tổ chức hợp lý và kiên định trong việc triển khai hoạt động của cơ cấu tổ chức này nhằm tạo môi trường làm việc ổn định, hiệu quả cho cán bộ Khối T & PDTD.
Trung, Nam là do mỗi khu vực sẽ có đặc thù kinh doanh riêng, việc phân chia này sẽ đẩy nhanh hơn tiến độ hồ sơ do mỗi đơn vị hiểu rõ đặc thù khu vực quản lý. Tuy nhiên, cơ cấu nhu hiện tại sẽ xảy ra tình huống, tại một thời điểm phòng thẩm định KHCN miền Bắc du thừa/quá tải hồ sơ khiến chất luợng thẩm định giảm, kéo dài thời gian xử lý trong khi các phòng còn lại thiếu hồ sơ dẫn đến không đủ năng suất.
Vì vậy, giải pháp đua ra để phát huy mục tiêu tối đa chuyên môn hóa đồng thời đảm bảo sự đồng đều về số luợng hồ sơ tại mỗi thời điểm cho các CVTD là không phân cấp hồ sơ theo miền. Có nghĩa là, chuyên viên thẩm định của miền Bắc có thể làm hồ sơ khách hàng tại 2 miền còn lại và nguợc lại. Dồng thời, các sự phận chia phòng nên dựa trên tiêu chí sản phẩm (theo các sản phâm chính, ví dụ nhu phòng nhà đất và chung cu, phòng sản suất kinh doanh và phòng ô tô, các sản phâm khác...). Số luợng nhân sự của các phòng sẽ bao gồm nhân sự level 1, 2, 3 và nên phân bổ dựa trên tính toán về số luợng hồ sơ dự kiến (theo quy mô phát triển dự kiến và thống kê số liệu quá khứ). Trong mỗi phòng có thể tách thành các nhóm nhỏ để dễ quản lý, truyền tải thông tin tốt hơn. Trong truờng hợp không cần thiết, nội bộ các phòng, các nhóm nên hạn chế thay đổi nhân sự để nâng cao đuợc năng suất lao động nhờ phát huy tối đa chuyên môn hóa công việc.