Một là, các nhân tố thuộc về nội bộ cơ quan thuế, gồm:
Tổ chức bộ máy: Đó là tổng thể các đơn vị, các bộ phận cấu thành dựa trên chức năng nhiệm vụ được giao.
Để một tổ chức hoạt động tốt, tổ chức bộ máy cần đáp ứng được các yêu cầu: tinh gọn, hiệu quả, hiệu lực; đúng chức năng nhiệm vụ; phối hợp chặt chẽ giữa các bộ phận; vận hành một cách nhịp nhàng.
Nguồn nhân lực: Đây chính là yếu tố quan trọng nhất, quyết định việc thành công hay thất bại của công tác quản lý thuế, đó là những người trực tiếp thực thi công vụ về thuế. Trình độ, kỹ năng cũng như khả năng phát triển của họ trong tương lai, tập quán, phong thái và thái độ trong quá trình làm việc sẽ tác động trực tiếp đến hiệu quả của công tác quản lý thuế.
Phẩm chất cách mạng và năng lực toàn diện của cán bộ quản lý thuế phải được nâng cao về quan điểm, lập trường, về trình độ nghiệp vụ thuế, về đạo đức, về khả năng tổ chức quản lý, thông thạo về kế toán, kiểm toán, có trình độ ngoại ngữ, biết sử dụng vi tính phù hợp với sự phát triển ca ngành và đáp ứng được yêu cầu quản lý ngày càng cao trong tình hình hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ ngày càng đa dạng và phức tạp.
Hai là, sự phối hợp giữa các ban ngành chức năng:
Thuế là một trong những chính sách lớn của Đảng, Nhà nước. Là công cụ quan trọng để Nhà nước quản lý kinh tế, quản lý xã hội hay nói một cách khác thuế là một phạm trù kinh tế - chính trị tổng hợp, do đó thực hiện chính sách thuế không phải là công việc đơn phương của ngành thuế. Cần có sự phối hợp với các đoàn thể và cơ quan có liên quan để triển khai đồng bộ việc thi hành chính sách thuế với các chính sách khác và quản lý kinh tế- xã hội trên địa bàn.
Cần phát huy chức năng của các toà án hành chính kinh tế trong việc giải quyết các tranh chấp giữa cơ quan thuế và người nộp thuế bảo đảm tính khách quan trong việc thực hiện đầy đủ các quy định về thuế của Nhà nước.
Ba là, điều kiện vật chất, kỹ thuật công nghệ trong quản lý.
Đây cũng là một trong những nội dung trong chương trình cải cách hệ thống thuế. Cơ sở vật chất tốt sẽ tạo điều kiện cho cán bộ công chức thuế thực hiện nhiệm vụ của mình được tốt hơn. Phương tiện làm việc, chế độ lương bổng, chế độ khen thưởng, kỷ luật cũng là nhân tố quan trọng ảnh hưởng đến công tác quản lý thu thuế.
Bốn là, ý thức chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế.
Mục tiêu của công tác quản lý thu thuế và tập trung huy động đầy đủ, kịp thời số thu cho Ngân sách Nhà nước trên cơ sở không ngừng nuôi dưỡng và phát triển nguồn thu. Sự tự nguyện, tự giác chấp hành các luật thuế của các ĐTNT là điểm mấu chốt để thực hiện mục tiêu đó.