Đặc điểm hoạt động của các bệnh viện công lập là việc triển khai thực hiện nhiệm vụ chính trị, kinh tế - xã hội do Bộ Y Tế giao phó. Để hoàn thành nhiệm vụ trên đòi hỏi các Bệnh viện công lập phải bảo đảm được nguồn kinh phí hoạt động của mình và công tác thu, chi ngân sách là yếu tố góp phần tạo nên nguồn kinh phí để hoạt động. Theo cơ chế quản lý tài chính hiện nay nhà nước vừa ban hành áp dụng cho đơn vị sự nghiệp có thu thì đặc điểm hoạt động tài chính của bệnh viện công lập được thể hiện như sau:
48 - Nguồn tài chính của các bệnh viện công lập bao gồm: Kinh phí do ngân sách nhà nước cấp và nguồn thu từ viện phí, BHYT, nguồn viện trợ, tài trợ, quà biếu, tặng, cho theo quy định của pháp luật, nguồn khác.
- Nội dung chi của các đơn vị sự nghiệp có thu gồm: chi thường xuyên và chi không thường xuyên.
- Hàng năm sau khi trang trải các khoản chi phí, nộp thuế (thuế thu nhập đơn vị từ lãi tiền gửi ngân hàng, từ hoạt động dịch vụ đấu thầu giữ xe, căng tin,...) và các khoản nộp khác theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi bệnh viện công lập được trích lập các quỹ như sau: trích tối thiểu 25% số thu lớn hơn chi để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp, trả thu nhập tăng thêm cho người lao động, trích lập Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi, Quỹ dự phòng ổn định thu nhập.
- Việc lập dự toán, chấp hành dự toán, hạch toán kế toán và quyết toán thu, chi ngân sách nhà nước được các bệnh viện công lập thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Luật kế toán, các văn bản hướng dẫn luật.