Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo được quản lý và vận hành theo Quyết định số 42/2002/QĐ-TTg ngày 19/3/2002 của TTCP về quản lý và điều hành các CTMTQG; Quyết định số 135/2009/QĐ-TTg ngày 04/11/2009 của TTCP về quy chế quản lý, điều hành thực hiện các CTMTQG; Nghị quyết 80/NQ-CP ngày 19/5/2001 của Chính phủ về định hướng giảm nghèo bền vững thời kỳ từ năm 2011 đếm năm 2020, cụ thể:
Ban chỉ đạo Trung ương về Chương trình giảm nghèo do một Phó thủ tướng làm Trưởng ban, Phó Trưởng ban Thường trực là Bộ trưởng Bộ LĐ,TB&XH, thành viên là lãnh đạo các bộ, ngành trung ương có liên quan. Bộ LĐ,TB&XH vừa là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo chương trình giảm nghèo, giúp Thủ tướng chính phủ thống nhất chỉ đạo công tác giảm nghèo; vừa phải thực hiện một số chính sách đối với người nghèo theo lĩnh vực Bộ đảm nhiệm (dạy nghề, tạo việc làm, xuất khẩu lao động).
Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam và các tổ chức thành viên có vai trò tổ chức, động viên các đoàn viên, hội viên tích cực tham gia thực hiện và giám sát các nội dung của chương trình giảm nghèo.
UBND cấp tỉnh, cấp huyện và cấp xã có trách nhiệm chỉ đạo, điều hành, tổ chức triển khai thực hiện chính sách giảm nghèo tại địa phương; thành lập Ban chỉ đạo giảm nghèo cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã tham mưu cho UBND cùng cấp thực thi nhiệm vụ QLNN về giảm nghèo tại địa phương. Các ngành có liên quan: Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn… có trách nhiệm phối hợp thực hiện QLNN về giảm nghèo tại địa phương.
Tương tự ở trung ương, MTTQ cấp tỉnh/huyện/xã và các tổ chức thành viên có vai trò vận động làm chuyển biến nhận thức, hành động đến từng hội viên và nhân dân; huy động nguồn lực, chuyển giao khoa học công nghệ; hướng dẫn cách làm ăn cho người nghèo, bảo lãnh vay vốn, trao đổi kinh nghiệm làm ăn, giám sát các nội dung của chương trình giảm nghèo trên địa bàn.