Bên cạnh những mặt đạt được kể trên, bảo đảm các quyền về Hộ tịch của công dân; bảo đảm QCN trong QLNN về HT từ thực tiễn Quận 6 Thành phố Hồ Chí Minh vẫn còn những hạn chế nhất định.
Thứ nhất, đối với người dân vẫn còn xảy ra việc đăng ký không kịp thời, chưa đầy đủ và thiếu chính xác, lựa chọn quê quán và dân tộc không phù hợp. Còn chưa biết lựa chọn phần quê quán theo Cha hay theo quê quán Mẹ.
Công chức phụ trách tùy tiện trong việc đăng ký, sai thẩm quyền; Cấp bản sao không đúng sổ bộ gốc như khi trích lục bản sao không lấy sổ gốc ra đối chiếu, do tại 14 phường trong quận 6 các dữ liệu của các năm từ 1960 đến nay chưa được cập nhật lên phần mềm, vì thế khi người dân có nhu cầu thì công chức phụ trách phải lấy sổ gốc ra đối chiếu và nhập cho chính xác, tuy nhiên công chức lại bỏ qua công tác này mà cứ lấy khai sinh bản chính của người dân cung cấp hoặc bản sao cấp trước đó.
Những việc làm trên cho thấy, gây ảnh hưởng không ít đến quyền của công dân.
Thứ hai, trong thời gian qua, trên địa bàn Quận 6 nói riêng việc tuyên truyền cho người dân các kiến thức pháp luật về HT đã được thực hiện khá tốt, hàng năm đều rà soát tại khu phố trong việc trẻ chưa được khai sinh. Nhưng nhìn chung vẫn còn một số hạn chế, người dân chưa nâng cao được vai trò quan trọng trong HT vẫn còn đi khai sinh chậm cho trẻ em mới sinh ra, thậm chí khi trẻ đến tuổi đi học mới quan tâm đến việc giấy khai sinh.
Thứ ba, bảo đảm các quyền về Hộ tịch của công dân, bảo đảm QCN trong công tác QLNN về HT là vấn đề liên quan đến nhiều ngành, nhiều lĩnh vực. Nhưng số liệu thống kê trên báo cáo của mỗi bộ phận khác nhau, điều này gây khó khăn tại địa phương
Thứ tư, pháp luật quản lý về HT có lúc chưa được chuẩn bị tốt nhất, chưa đảm bảo QCN, QCD trong hộ tịch như điều kiện thực hiện về Hộ tịch. Việc cần
thiết, là Nhà nước phải có trách nhiệm đăng ký để thực hiện việc quản lý và cũng bảo đảm các quyền về Hộ tịch của công dân; thực tế cho thấy vẫn còn những bất cập buông lỏng quản lý dẫn đến sai phạm bị xử lý kỷ luật, công chức gây phiền hà cho nhân dân, thái độ phục vụ của một số bộ phận cán bộ làm công tác HT chưa cao.
Có một số công chức trên địa bàn các phường khi giải quyết hồ sơ HT còn không linh động, làm việc theo thói quen, cứng nhắc quy định, dễ gây bức xúc trong nhân dân, giải quyết công việc HT tự đặt thêm thủ tục giấy tờ đối với người dân, hoặc khi hồ sơ đăng ký HT của người dân chưa đầy đủ, công chức không hướng dẫn một lần mà mỗi lần chỉ hướng dẫn một nội dung nên người dân phải đi lại nhiều lần mới được giải quyết, cụ thể là việc xác nhận tình trạng hôn nhân của công dân.
Ví dụ: Cấp Giấy xác nhận tình trạnh hôn nhân cho công dân đã từng đăng
ký thường trú tại nhiều nơi khác nhau, người đó có trách nhiệm chứng minh về tình trạng hôn nhân của mình, mặc dù đã cung cấp tình trạng hôn nhân giai đoạn trước nhưng do một số công chức không nghiên cứu và chưa hiểu rõ về quy định, cứ hết 6 tháng khi người dân có nhu cầu cấp mới thì lại yêu cầu người dân về nơi cư trú trước đây.
Bên cạnh đó việc đầu tư về cơ sở vật chất hiện đại, chưa cập nhật số hóa, dữ liệu trước đây lên phần mềm HT, nên gặp nhiều trở ngại cho công chức thực hiện.