Đổi mới và hoàn thiện hệ thống y tế theo hướng công bằng, hiệu quả và phát triển, tạo cơ hội thuận lợi cho mọi người dân được bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khoẻ với chất lượng ngày càng cao. Quan tâm phát triển các dịch vụ y học với công nghệ, kỹ thuật cao; phát triển hài hòa giữa y tế phổ cập với y tế chuyên sâu, kết hợp phát triển y học hiện đại với y học cổ truyền. Thúc đẩy các cơ sở y tế công lập và ngoài công lập được phát triển về quy mô và chất lượng, nâng cấp các cơ sở y tế đạt trình độ tiên tiến trong khu vực.
Hoàn thiện tổ chức hệ thống y tế theo các quy hoạch chung và quy hoạch chuyên ngành đã được phê duyệt và các văn bản quy định về tổ chức bộ máy trong hệ thống y tế của Chính phủ, của Bộ Y tế, của các Bộ, Ngành chức năng song cần phải đảm bảo phù hợp với điều kiện thực tế của địa phương. Tiếp tục đầu tư nâng cấp các cơ sở y tế, đặc biệt là mạng lưới y tế cơ sở và y tế dự phòng. Đồng thời, chú trọng phát triển hệ thống thông tin y tế tại các đơn vị, thuộc các tuyến với việc ứng dụng công nghệ thông tin hiện đại
nhằm đáp ứng đầy đủ, chính xác và kịp thời nhu cầu thông tin phục vụ quản lý, điều hành và giám sát thực hiện các hoạt động y tế trên địa bàn.
Mặt khác, Thanh Hóa đẩy mạnh công tác cải cách hành chính nhằm cải thiện, tăng cường, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý ngành đáp ứng nhu cầu chăm sóc và bảo vệ sức khỏe cho nhân dân.
Ban hành và thực hiện các chính sách ưu đãi trong đào tạo, tuyển dụng và sử dụng đối với viên chức y tế công tác ở vùng sâu, vùng xa, vùng ven biển, hải đảo. Tranh thủ tối đa sự hỗ trợ quốc tế cũng như của các tỉnh lân cận đối với việc nâng cao chất lượng nguồn nhân lực y tế.