Phương pháp QLNN là cách thức thực hiện những chức năng, nhiệm vụ của bộ máy hành chính nhà nước, cách thức tác động của chủ thể quản lý hành chính lên các đối tượng quản lý nhằm đạt được những hành vi xử sự cần thiết. Để quản lý nhà nước về du lịch biển thì các phương pháp phải tập trung và phù hợp với đối tượng quản lý. Trong hoạt động quản lý nhà nước về du lịch biển, Nhà nước thực hiện các phương pháp sau:
Thứ nhất, phương pháp hành chính
Phương pháp hành chính là cách thức tác động trực tiếp của Nhà nước thơng qua quyết định dứt khốt và có tính bắt buộc. Đối với quản lý nhà nước về du lịch biển, phương pháp hành chính được áp dụng thơng qua những thủ tục hành chính bắt buộc như thủ tục đăng ký kinh doanh đối với các cơ sở kinh doanh, thủ tục cấp thẻ hướng dẫn viên cho hướng dẫn viên du lịch...; Trong trường hợp các chủ thể thuộc đối tượng quản lý về du lịch biển không chấp hành nghiêm chỉnh các quy định của pháp luật thì sẽ bị xử lý.
Thứ hai, phương pháp kinh tế
Phương pháp kinh tế là các phương pháp tác động vào đối tượng quản lý thơng qua các lợi ích kinh tế bằng việc sử dụng các đòn bẩy kinh tế để cho đối tượng quản lý tự lựa chọn phương án hoạt động có hiệu quả nhất trong phạm vi hoạt động của họ. Phương pháp kinh tế được áp dụng phổ biến trong công tác quản lý nhà nước về du lịch biển. Thông qua các hoạt động kinh doanh du lịch của các cơ sở kinh doanh, cơ quan nhà nước đưa ra các định mức kinh tế như thuế suất, lãi suất..để áp dụng. Ngoài ra, để các đối tượng tham gia vào hoạt động du lịch biển phát huy tối đa khả năng của mình, Nhà nước đưa ra các chính sách ưu đãi về kinh tế như chính sách thuế, ưu đãi lãi suất ngân hàng; giải pháp hỗ trợ phát triển..
Thứ ba, phương pháp thuyết phục, giáo dục
Thuyết phục là làm cho đối tượng quản lý hiểu rõ sự cần thiết và tự giác thực hiện những hành vi nhất định hoặc tránh thực hiện những hành vi nhất định.
Phát triển kinh tế biển gắn với chủ quyền quốc gia là nội dung chính sách mà Đảng ta quan tâm. Vì thế phương pháp giáo dục, thuyết phục đối với du lịch biển là cần thiết. Công tác giáo dục, thuyết phục đến mọi đối tượng về vai trò của du lịch biển nhằm mục đích nâng cao ý thức tự giác, có trách nhiệm của mọi đối tượng. Bên cạnh đó, rèn luyện giáo dục đội ngũ cán bộ công chức về đường lối, chủ trương của Đảng, về ý thức lao động, sáng tạo, quản lý...
Trong quá trình quản lý về du lịch biển, cơ quản quản lý nhà nước căn cứ vào mục tiêu, yêu cầu và quan trọng hơn hết cần xác định đối tượng ở đây là du lịch biển để lựa chọn phương pháp phù hợp. Hơn thế nữa, để nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về du lịch biển, cần phải biết vận dụng tổng hợp các phương pháp quản lý để phát huy tối đa năng lực của cơ quan quản lý.