Thứ nhất, vướng mắc về áp dụng pháp luật trong giải quyết vụ việc
tranh chấp đất đai.
Khi cá nhân, cơ quan, tổ chức có đơn khiếu nại gửi đến Bộ trưởng Bộ TN&MT xem xét quyết định giải quyết tranh chấp đất đai của UBND cấp tỉnh mà đương sự không nhất trí; các cơ quan chức năng của Bộ TN&MT được Bộ trưởng Bộ TN&MT phân côngđối chiếu nội dung vụ việc với quy định của pháp luật để xác định vụ việc có thuộc thẩm giải quyết của Bộ trưởng Bộ TN&M hay không. Trường hợp vụ việc thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng Bộ TN&MT; cơ quan được Bộ trưởng Bộ TN&MT phân công (say đây gọi là cơ quan được phân công) nghiên cứu, xem xét về các khía cạnh: Đương sự có quyền khiếu nại được giải quyết hay không; họ có đủ năng lực hành vi hay không;việc khiếu nại giải quyết tranh chấp đất đai có còn thời hiệu hay không v.v. Tuy nhiên, trên thực tế giải quyết loại vụ việc tranh chấp
đất đai thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng Bộ TN&MTgặp khó khăn trong việc áp dụng pháp luật. Như phần trên đã phân tích, nội dung mà đương sự khiếu nại đến Bộ trưởng Bộ TN&MT là vụ việc cụ thể về tranh chấp đất đai; đối tượng khiếu nại là quyết định hành chính về giải quyết tranh chấp đất đai của Chủ tịch UBND cấp tỉnh và hành vi hành chính của Chủ tịch UBND cấp tỉnh ra quyết định giải quyết tranh chấp đất đai. Nhưng vụviệc tranh chấp đất đai thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng Bộ TN&MT theotrình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại hành chính. Như vậy, trong trường hợp này, Bộ trưởng Bộ TN&MT giải quyết theo trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại hành chính hay theo trình tự, thủ tục hành chính về giải quyết tranh chấp đất đai. Quyết định của Bộ trưởng Bộ TN&MT là quyết định giải quyết khiếu nại về tranh chấp đất đai hay là quyết định hành chính về giải quyết tranh chấp đất đai hoặc bao gồm cả hai nội dung trên.Vấn đề này chưa được pháp luật hiện hành quy định rõ ràng, cụ thể. Vì vậy, trên thực tế có sự hiểu và áp dụng pháp luật không thống nhất: Có trường hợp áp dụng pháp luật hành chính để giải quyết; có trường hợp áp dụng pháp luật đất đai hoặc áp dụng pháp luật khiếu nại để giải quyết. Điều này thể hiện sự lúng túng trong việc áp dụng pháp luật để giải quyết tranh chấp thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng Bộ TN&MT.
Thứ hai, áp dụng pháp luật không phù hợp trong ban hành hình thức
văn bản giải quyết tranh chấp đất đai của Bộ trưởng Bộ TN&MT.
Theo quy trình giải quyết tranh chấp đất đai thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng Bộ TN&MT.Bộ trưởng Bộ TN&MT ban hành quyết định giải quyết tranh chấp sau khi có báo cáo kết quả thẩm tra, xác minh và đề xuất biện pháp giải quyết bằng văn bản của cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ thẩm tra, xác minh. Tuy nhiên, có trường hợp cơ quan tham mưu lại đề xuất rakết luận giải quyết dưới hình thức thông báo, công văn nhằm đảm bảo sự an toàn hoặc né tránh trách nhiệm với lý do được viện dẫn là do đương sự khiếu nại quyết định giải quyết tranh chấp đất đai nên việc trả lời kết quả giải quyết cho vụ
việc khiếu nại bằng hình thức thông báo, công văn.
Thứ ba,Bộ trưởng Bộ TN&MT là người chịu trách nhiệm trước Chính
phủ thống nhất quản lý nhà nước về đất đai. Phương thức quản lý nhà nước về đất đai của Bộ trưởng Bộ TN&MT mang tính chất vĩ mô thể hiện ở việc xây dựng, ban hành chính sách, pháp luật về đất đai và tổ chức chỉ đạo thực hiện thống nhất chế độ, chính sách trong phạm vi cả nước. Như vậy, Bộ trưởng Bộ TN&MT xem xét, giải quyết tranh chấp đất đai thuộc thẩm quyền chủ yếu dựa trên cơ sở hồ sơ, chứng cứ vụ việc trong điều kiện hệ thống cơ sở dữ liệu, thông tin về đất đai của cả nước đang từng bước xây dựng. Điều này gây trở ngại cho quá trình giải quyết do Bộ trưởng Bộ TN&MT không trực tiếp lưu giữ hồ sơ địa chính, bản đồ địa chính của từng thửa đất cụ thể. Trong một số vụ việc phức tạp, Bộ trưởng Bộ TN&MT phải thành lập đoàn thanh tra xuống địa phương để xác minh thực tế. Đoàn thành tra sẽ gặp rất nhiều khó khăn nếu không nhận được sự hợp tác, phối hợp với các cơ quan quản lý đất đai ở địa phương mà một trong số các cơ quan này là là chủ thể bị khiếu nại, là chủ thể đang bị Bộ trưởng Bộ TN&MT xem xét lại quyết định giải quyết tranh chấp đất đai bị khiếu nại. Như vậy, liệu có đảm bảo về tính chính xác, khách quan trong báo cáo của đoàn thanh tra là một trong những cơ sở để Bộ trưởng Bộ TN&MT ra quyết định giải quyết tranh chấp đất đai theo thẩm quyền v.v.