- Bài học thứ nhất, khi thực hiện TTHQĐT cần phải có kế hoạch tổng thể và kế hoạch đó phải được dựa trên kết quả đánh giá trình độ phát triển công nghệ thông tin, trình độ quản lý của Nhà nước và mức độ sẵn sàng thực hiện của doanh nghiệp. Mối quan hệ hợp tác chặt chẽ giữa các trụ cột hải quan - doanh nghiệp, hải quan - hải quan trong triển khai thực hiện TTHQĐT sẽ là nền tảng vững chắc cho một kế hoạch thành công.
- Bài học thứ hai, tăng tiến độ đồng bộ hóa giữa hải quan điện tử với Chính Phủ điện tử để thực hiện các kết nối tự động giữa hải quan với các tổ chức liên quan trong các bộ, ngành, địa phương. Kinh nghiệm này của các nước trên đã cho thấy mặc dù hải quan có thể đi trước một bước về thực hiện “điện tử hoá” trong hoạt động quản lý Nhà nước của mình, nhưng không thể đi trước thêm bước nữa nếu các ngành khác trong quản lý Nhà nước vẫn thực hiện các thủ tục hành chính theo phương thức thủ công, truyền thống.
- Bài học thứ ba, cân nhắc áp dụng khi xây dựng, phát triển hệ thống thông quan điện tử tự động phải áp dụng các nội dung chuẩn mực hải quan hiện đại và luôn có sự cập nhật sau theo lộ trình vào các hệ thống thông quan điện tử để kịp thời nâng cấp đáp ứng yêu cầu thực tiễn trở thành hệ thống xử lý điện tử thông minh linh hoạt không bị lạc hậu phù hợp nhất với hoàn cảnh lịch sử cụ thể của Việt Nam trong bối cảnh khu vực và quốc tế hiện nay.
- Bài học thứ tư, tập trung xây dựng, thu thập nguồn thông tin tình báo hải quan và mở rộng áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro tự động cho từng nghiệp vụ hải quan của cả ba khâu trước - trong - sau thông quan hàng hóa.