Tính đến nay, Bộ Tài chính - Tổng cục Hải quan đã triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử qua 2 giai đoạn: Giai đoạn 1 (10/2005 – 11/2009) – giai đoạn thí điểm hẹp theo Quyết định 149/2005/QĐ-TTg ngày 20/6/2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử; Giai đoạn 2 (12/2009 đến nay) – giai đoạn thí điểm mở rộng theo Quyết định 103/2009/QĐ-TTg ngày 12/8/2009 sửa đổi, bổ sung một số điều Quyết định 103/2005/QĐ-TTg về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử.
Quá trình triển khai thí điểm cho thấy thủ tục hải quan điện tử đem lại lợi ích kinh tế cho cả ngành Hải quan và doanh nghiệp do tiết kiệm thời gian, nhân lực, chi phí khi thủ tục hải quan được thực hiện bằng phương thức điện tử (thời gian thông quan đối với lô hàng thuộc diện miễn kiểm tra hải quan là 5 – 10 phút, đối với các lô hàng phải kiểm tra hồ sơ từ 20 – 30 phút, đối với các lô hàng kiểm tra thực tế hàng hoá phụ thuộc vào thời gian kiểm tra hàng hoá).
Tuy nhiên, quá trình triển khai thủ tục hải quan điện tử cũng chịu nhiều các nhân tố ảnh hưởng như:
- Hệ thống chính sách pháp luật
Các văn bản hướng dẫn việc thực hiện quy trình còn nhiều chỗ chưa rõ ràng dẫn đến hiểu lầm và thực hiện sai của một số cán bộ.
Công văn hướng dẫn giải đáp các vấn đề phát sinh khi thực hiện quy trình mới còn chậm chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế đặt ra.
Việc ban hành các văn bản của các ban ngành khác còn nhiều điểm mâu thuẫn với nhau do đó rất khó khăn trong việc thi hành đúng các quy định của pháp luật.
- Các chương trình phần mềm chưa hoàn thiện
Liên quan đến phần mềm thủ tục HQĐT, theo đánh giá của Chi cục là chưa hoàn thiện. Các hệ thống phần mềm chưa được tích hợp, dẫn đến một công chức hải quan phải sử dụng nhiều chương trình cùng một lúc trong quá trình làm thủ tục hải quan. Thêm vào đó, hệ thống phần mềm chưa theo kịp với sự thay đổi về quy trình nghiệp vụ, nên đôi lúc gặp khó khăn khi thao tác trên phần mềm. Chương trình thông quan điện tử chưa được cải tiến nhiều, triển khai không đồng bộ.
Chương trình tự động hóa thủ tục HQĐT còn bất cập trong thực hiện, mức độ tự động hóa thấp, phải thao tác tra cứu thủ công. Cũng do chương trình HQĐT chưa có phần thanh khoản sản xuất xuất khẩu, hàng gia công, cho nên, thời gian đầu triển khai chỉ thực hiện khai báo, còn thanh khoản vẫn thực hiện trên chương trình cũ như trước.
Đối với một số mặt hàng phải kiểm tra Nhà nước về chất lượng, nếu tờ khai được phân vào luồng Xanh thì hệ thống sẽ chạy thẳng đến khâu “Xác nhận thông quan” mà không cho xác nhận “Đưa hàng về bảo quản” hay “Giải phóng hàng”, vì thế công chức hải quan tiếp nhận phải tự chuyển hồ sơ từ luồng Xanh sang luồng Vàng mới có thể phê duyệt nghiệp vụ trên.
- Hệ thống cơ sở hạ tầng
Chưa có hệ thống backup chuyên dụng để thực hiện việc sao lưu dữ liệu trong khi nhu cầu sao lưu dữ liệu là rất quan trọng và rất lớn.
Việc thực hiện quản lý rủi ro đòi hỏi phải có hệ thống thông tin, nắm tình hình đối với các lô hàng và doanh nghiệp hoạt động XNK phải được cập nhật thường xuyên giữa các đơn vị với nhau nắm bắt thông tin kịp thời còn thiếu.
Tốc độ và sự ổn định của đường truyền thông tin còn nhiều hạn chế, với những bộ tờ khai có nhiều dòng hàng (ví dụ như Công ty Toyota nhập khẩu linh
kiện, vật tư với số dòng hàng cần vào máy, xác định giá lên tới hàng nghìn dòng thì thời gian vào máy của 01 bộ tờ khai là rất lâu, dẫn đến ứ đọng tờ khai).
- Nguồn nhân lực
Trình độ nghiệp vụ hải quan: Trình độ năng lực của cán bộ công chức không đồng đều, năng lực còn nhiều hạn chế phản ứng với công việc không nhanh nhậy, còn sai sót trong việc thực hiện công việc, động cơ công tác chưa đúng, có tư tưởng chọn việc. Thực tế số lượng cán bộ thực sự có đủ năng lực trình độ về các mặt còn hạn chế và đội ngũ cán bộ công chức làm bộ phận tính thuế, xác định trị giá và tin học còn thiếu. Đây là vấn đề khó khăn lớn ảnh hưởng tới chất lượng công việc, không đảm bảo được việc thông quan hàng hóa được nhanh chóng chính xác.
Tinh thần trách nhiệm của một số cán bộ chưa cao, còn ỷ lại, phải kiểm tra đôn đốc nhắc nhở mới thực hiện công việc. Giữa các khâu nghiệp vụ chưa có sự phối hợp chặt chẽ.
- Trang thiết bị, cơ sở vật chất mặc dù đã được Tổng cục hải quan và Cục hải quan tỉnh quan tâm, đáp ứng yêu cầu trước mắt nhưng hệ thống mạng còn yếu, tình trạng tắc nghẽn mạng, rớt mạng vẫn còn xảy ra.
- Sự phối hợp giữa các cơ quan quản lý khác như cơ quan Thuế, cơ quan cấp giấy phép kinh doanh, ngân hàng… chưa chặt chẽ làm ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả hoạt động nghiệp vụ của cơ quan Hải Quan.