Tiếp tục nghiên cứu, sắp xếp tổ chức bộ máy của tòa án nhân dân các cấp theo thẩm quyền xét xử và phù hợp với thực tiễn, vì việc tổ chức tòa án nhân dân cấp sơ thẩm chủ yếu theo đơn vị hành chính cấp huyện như hiện nay dẫn đến bố trí cơ sở vật chất dàn trải, bộ máy cồng kềnh, biên chế tăng. Sắp xếp tổ chức bộ máy của viện kiểm sát nhân dân các cấp phù hợp với hệ thống tổ chức của tòa án và tăng cường trách nhiệm thực hành quyền công tố trong hoạt động điều tra. Tiếp tục nghiên cứu, từng bước sắp xếp, thu gọn đầu mối cơ quan điều tra, đáp ứng yêu cầu công tác điều tra hình sự, phòng, chống tội phạm và phù hợp với tổ chức, hoạt động của viện kiểm sát nhân dân, tòa án nhân dân theo tinh thần cải cách tư pháp.
Luận văn đưa ra ý kiến về đổi mới mô hình hệ thống Tòa án:
- Tổ chức hệ thống Tòa án nhân dân theo cấp xét xử gồm ba cấp: sơ thẩm, phúc thẩm và Tòa án nhân dân tối cao.
- Thành lập Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm theo khu vực, không theo địa giới hành chính.
- Mỗi Tòa cấp sơ thẩm, phúc thẩm khu vực chỉ có một bộ phận văn phòng nhưng đội ngũ Thẩm phán thì được phân công thành các ban khác nhau trong đó có ban chuyên trách xét xử về tranh chấp kinh doanh thương mại
- Ở Tòa án tối cao có bộ phận văn phòng, các ban chuyên trách và Hội đồng Thẩm phán tối cao. Trong đó các ban chuyên trách sẽ xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm ở từng lĩnh vực còn Hội đồng Thẩm phán tối cao không xét xử mà chỉ làm nhiệm vụ giải thích, hướng dẫn việc áp dụng pháp luật cho ngành Tòa án.
Về quyền giải thích pháp luật của Tòa án: Tại Điều 79 Hiến pháp 2013 quy định quyền “Giải thích Hiến pháp, luật, pháp lệnh” là Ủy ban thường vụ Quốc hội Trên thực tế thì Ủy ban thường vụ Quốc hội đã thực hiện không hiệu quả chức năng này, nhiều ý kiến cho rằng “Giải thích Hiến pháp và luật phải là một trong những biểu hiện thẩm quyền của quyền tư pháp”. Tác giả đồng ý với quan điểm này bởi muốn giải thích được các điều luật một cách chính xác thì phải đặt việc giải thích trong từng trường hợp, gắn với các sự kiện pháp lý cụ thể. Mặc dù Hiến pháp không quy định Tòa án có quyền giải thích pháp luật nhưng trên thực tế, Tòa án luôn có vai trò quan trọng trong việc giải thích pháp luật thông qua các Nghị quyết của Hội đồng thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao và các công văn giải đáp nghiệp vụ, hướng dẫn thi hành pháp luật thống nhất.
Thực tiễn thấy rằng, Tòa án nhân dân các địa phương vẫn thực hiện theo hướng dẫn của Tòa án nhân dân tối cao đối với từng vấn đề cụ thể của các văn bản khác liên quan đến hoạt động xét xử. Vì vậy vấn đề quyền giải thích pháp luật của Tòa án cần được pháp luật quy định cụ thể, đảm bảo việc áp dụng thống nhất các quy định của pháp luật.
Nên quy định Tòa án có thẩm quyền giải thích luật để phù hợp với Hiến pháp 2013 đã ghi nhận Tòa án là cơ quan thực hiện quyền tư pháp để phù hợp với chức năng xét xử của Tòa án. Hiện tại quyền giải thích pháp luật của Tòa án chưa được quy định trong Hiến pháp nên việc giải thích pháp luật mới chỉ dừng lại ở Nghị quyết của Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao và chỉ Tòa án các địa phương trong cả nước thực hiện theo các hướng dẫn này.