Song song với những kết quả đạt được thì công tác phân tích tài chính DN trong hoạt động tín dụng của chi nhánh cũng có những tồn tại cần khắc phục.
Thứ nhất, nhiều trường hợp khách hàng vay vốn tại chi nhánh cung cấp các BCTC chưa được kiểm toán nên độ chính xác chưa cao. Điều đó gây ảnh hưởng đến chất lượng của công tác phân tích tài chính, gây khó khăn cho CBTD trong việc đưa ra những đánh giá về DN và có thể dẫn đến rủi ro trong hoạt động tín dụng của NH.
Thứ hai, phương pháp sử dụng chủ yếu trong phân tích là phương pháp so sánh và phương pháp tỷ số, chưa sử dụng thêm các phương pháp khách để hỗ trợ thêm trong công tác phân tích như sử dụng phương pháp DuPont để phân tích các chỉ tiêu về khả năng sinh lời của DN như tỷ số phản ánh khả năng sinh lời của tổng tài sản (ROA) hay tỷ số phản ánh khả năng sinh lời vốn chủ sở hữu (ROE).
Thứ ba, nội dung phân tích chưa thực sự đầy đủ.
Khi phân tích kết quả kinh doanh mới chỉ phân tích doanh thu mà chưa phân tích lợi nhuận, chi phí trong khi lợi nhuận là một chỉ tiêu quan trọng để phản ánh năng lực sản xuất kinh doanh, chi phí cũng cần phải được phân tích để thấy hiệu quả trong việc quản lý chi phí của DN.
Phân tích lưu chuyển tiền tệ chưa xem xét tới cơ cấu dòng tiền và các tỷ số dòng tiền trong khi việc phân tích lưu chuyển tiền tệ là vô cùng quan trọng bởi nó cho thấy lượng tiền thực sự mà DN nắm giữ, có khả năng phản ánh khả năng thanh toán các khoản nợ của DN.
CBTD tập trung phân tích các tỷ số tài chính tuy nhiên còn thiếu một số tỷ số quan trọng như khả năng thanh toán lãi vay, hiệu suất sử dụng tài sản cố định...
Thứ tư, chưa chuyên môn hóa được khách hàng. Mỗi CBTD thường phụ trách nhiều khách hàng ở các lĩnh vực khác nhau mà không chuyên sâu theo ngành nghề, lĩnh vực kinh tế. Chính điều này gây khó khăn cho việc nâng cao chất lượng phân tích vì mỗi ngành nghề có những đặc thù riêng mà một CBTD khó có thể am hiểu hết.