Thuế tài nguyên bản chất là khoản thu của Nhà nước, đánh vào hoạt động khai thác khoáng sản. Do đó, công tác quản lý thuế tài nguyên gắn liền với công tác quản lý khoáng sản. Để quản lý có hiệu quả thuế tài nguyên, cơ quan thuế phải có mối liên hệ công tác, phối kết hợp với các cơ quan hữu quan có thẩm quyền và trách nhiệm trong việc quản lý khoáng sản. Có rất nhiều các cơ quan, tổ chức được Nhà nước giao thẩm quyền và trách nhiệm quản lý khoáng sản như Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Xây dựng, Sở Tài chính, Ủy ban nhân dân các cấp, Đài báo của tỉnh,... dưới sự chỉ đạo chung của Ủy ban nhân dân tỉnh. Xét trên giác độ quản lý thuế, thì cơ quan thuế cần thiết phải có sự phối kết hợp hoạt động với Ủy ban nhân dân tỉnh, Sở Tài nguyên và Môi trường, Đài báo của tỉnh và giữa các cơ quan trong ngành tài chính như Kho bạc Nhà nước, Hải quan, Ngân hàng... để quản lý có hiệu quả thuế tài nguyên.
Theo quy định của pháp luật về khoáng sản, cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép hoạt động khoáng sản ở cấp Trung ương là Bộ Tài nguyên và Môi trường, ở cấp địa phương là Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Uỷ ban nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc là cơ quan ra quyết định cấp giấy phép khai thác khoáng sản, nhưng Sở Tài nguyên và Môi trường là cơ quan trực tiếp giải quyết các thủ tục hành chính có liên quan để
trình Uỷ ban nhân dân tỉnh ra quyết định. Giấy phép khai thác khoáng sản là điều kiện bắt buộc để đơn vị có thể tiến hành khai thác khoáng sản trên địa bàn và từ đó phát sinh nghĩa vụ thuế tài nguyên với Nhà nước. Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc, một mặt tiếp nhận hồ sơ đăng ký MST hoặc từ Sở Kế hoạch và Đầu tư Vĩnh Phúc đối với các đơn vị do Sở Kế hoạch Đầu tư cấp giấy đăng ký kinh doanh, hoặc do NNT chuyển đến đối với các trường hợp khác để cấp MST và phân cấp quản lý cho các phòng ban, chi cục quản lý theo quy định. Mặt khác, phối hợp cùng Sở Tài nguyên Môi trường để theo dõi về việc đơn vị đã được cấp giấy phép khai thác khoáng sản, đã tiến hành khai thác khoáng sản trên địa bàn nhưng chưa thực hiện kê khai thuế tài nguyên; hoặc đơn vị chưa được cấp giấy phép khai thác khoáng sản nhưng đã phát sinh doanh thu và kê khai thuế tài nguyên để xử lý theo quy định. Công tác quản lý thuế tài nguyên hiệu quả, không chỉ xét riêng về mặt đảm bảo số thu vào NSNN mà còn góp phần bảo vệ, giữ gìn nguồn tài nguyên khoáng sản của quốc gia.
Trong quá trình kiểm tra theo dõi việc chấp hành nghĩa vụ thuế của đơn vị khai thác tài nguyên, nếu phát hiện thấy có những dấu hiệu vi phạm quy định trong giấy phép khai thác khoáng sản do Uỷ ban nhân dân tỉnh cấp, cũng đề đạt, kiến nghị với Uỷ ban nhân dân tỉnh, hoặc qua Sở Tài nguyên Môi trường để có biện pháp xử lý, ngăn chặn kịp thời. Thực tế tại Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc, chưa có phát sinh việc phải kiến nghị với Uỷ ban nhân dân tỉnh hay Sở Tài nguyên Môi trường về việc vi phạm quy định trong giấy phép khai thác của đơn vị do cơ quan thuế phát hiện.
Theo quy định trong Luật thuế tài nguyên, giá tính thuế tài nguyên trong các trường hợp không được thấp hơn giá tính thuế do Uỷ ban nhân dân tỉnh quy định, đối với các trường hợp không đủ căn cứ xác định giá tính thuế, thì áp dụng giá tính thuế là mức giá do Uỷ ban nhân dân tỉnh quy định. Chính vì vậy, giá tính thuế do Uỷ ban nhân dân tỉnh đưa ra là rất quan trọng đối với
việc xác định số thuế tài nguyên phải nộp vào NSNN, sẽ là căn cứ để các đơn vị khai thác tài nguyên trên địa bàn tính toán và xác định đúng giá bán sản phẩm tài nguyên của mình, từ đó tính ra số thuế tài nguyên phải nộp tương