Đấu thầu tập trung là hình thức có quy mô lớn, tạo điều kiện để lựa chọn đơn vị cung ứng tốt nhất với các mặt hàng đảm bảo chất lượng. Thuốc trúng thầu tại tuyến tỉnh và huyện là 48.708 mặt hàng (Bảng 3.18), trong đó số mặt hàng được lựa chọn trong hình thức đấu thầu tập trung gấp trên 3,6 lần so với hình thức đấu thầu đại diện và 5,6 lần ở hình thức đấu thầu đơn lẻ. Bảng 3.9 cho thấy đấu thầu đơn lẻ có số nhà thầu tham dự rất hạn chế, gần 16% số lần đấu thầu có trên 20 nhà thầu tham dự. Mặt khác, giá trị trúng thầu lớn là yếu tố quan trọng để các đơn vị cung ứng đưa ra được giá thành hợp lý và đảm bảo nguồn hàng cung ứng cho nhu cầu điều trị.
Thực hiện đấu thầu theo gói nhưng không có số lượng, giá trị gói trúng thầu thấp, một số thuốc có giá thành cao, tần suất sử dụng nhiều lại cao hơn giá thị trường, hoặc nhà thầu chào hàng đưa giá của một số thuốc có giá thấp lên cao hơn giá thị trường nhưng tần suất sử dụng và tổng chi phí trong khám, chữa bệnh thuốc này không cao.
Tình trạng thuốc không trúng thầu xảy ra phổ biến ở các tỉnh tổ chức đấu thầu trực tiếp và đại diện (Bảng 3.14), có đến 85% tỉnh phải mua thuốc ngoài thầu. Bảng 3.16 đã cho thấy tình trạng cung ứng thuốc qua đấu thầu không đầy đủ xảy ra ở nhiều địa phương (44,5%). Lý do chủ yếu đối với đấu thầu tập trung là điều kiện địa lý và nhà thầu không đảm bảo nguồn hàng, nguyên nhân cũng tương tự như vậy đối với đấu thầu đại diện nhưng ở một mức độ cao hơn so với đấu thầu tập trung trong khi ở hình thức đấu thầu đơn lẻ có thuốc không trúng thầu chủ yếu do số lượng ít và biến động giá (Hình 3.7). Tại một đơn vị đấu thầu trực tiếp, theo ý kiến của lãnh đạo bệnh viện là “do giá dự thầu vượt giá dự toán được duyệt hoặc do nhà thầu không chào thầu”.
Đối với các đơn vị tham gia đấu thầu, cơ chế thanh toán tiền thuốc chậm, nợ tiền thuốc là một yếu tố dẫn đến việc định giá dự thầu cao hơn so với giá thuốc thị trường để đảm bảo bù đắp chi phí vốn, và dự phòng việc giá thuốc biến động trong thời gian hiệu lực của hợp đồng cung ứng thuốc. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng giá thuốc trúng thầu có thể cao hơn giá thuốc thị trường tại thời điểm đấu thầu. Một trong những vấn đề mà các đơn vị cung ứng đang gặp phải là sự biến động đáng kể của giá thuốc trong năm do ảnh hưởng của thị trường trong và ngoài nước. Hầu hết các địa phương chỉ tổ chức đấu thầu một lần trong năm, chỉ có 7 tỉnh (11%) tổ chức đấu thầu 2 lần trong năm (Bảng 3.13) dẫn đến hệ quả là giá thuốc không điều chỉnh kịp thời khi có biến động của thị trường.
Việc tổ chức cung cấp, đảm bảo thuốc chậm còn có nguyên nhân từ phía các đơn vị cung ứng, nhất là khi có sự biến động của thị trường thuốc. Khi đó, các đơn vị cung ứng cung cấp hàng cầm chừng, đôi khi còn từ chối cung cấp một số mặt hàng làm ảnh hưởng đến quá trình điều trị của người bệnh.
Nhiều ý kiến đều nhận định “ Chưa có chế tài, hình thức xử phạt nhà thầu không đảm bảo cung ứng thuốc khi đã trúng thầu”.
So sánh nguyên nhân cung ứng không đầy đủ ở các hình thức đấu thầu cho thấy: Tại các địa phương thực hiện đấu thầu theo hình thức 1, nguyên nhân chủ yếu để các nhà thầu cung cấp không đủ thuốc là do bị hết hàng (> 30%); yếu tố địa lý không thuận lợi và số lượng thuốc trúng thầu quá ít chỉ chiếm khoảng 20% nguyên nhân và rất ít khi các nhà thầu này không cung ứng đủ hàng là do biến động giá (chỉ khoảng dưới 5%). Hình thức đấu thầu thứ 2 chịu tác động nhiều nhất của các yếu tố này với 50% nguyên nhân không cung ứng được đủ thuốc là do hết hàng và không thuận lợi về mặt địa lý. Đối với hình thức đấu thầu đơn lẻ (hình thức 3): cả 4 nhóm nguyên nhân đều có ảnh hưởng đến khả năng cung cấp thuốc đầy đủ của nhà thầu. Tuy nhiên các tác động này là không lớn, chỉ khoảng trên dưới 10%.