Việc phân loại dựa vào những đặc điểm hình thái khuẩn lạc cũng như tế bào gặp nhiều khó khăn do sự đa dạng và sai khác không rõ ràng giữa các chủng. Để đánh giá tính đa dạng của các chủng chúng tôi đã tiến hành phân nhóm bằng kỹ thuật fingerprinting 62 chủng đã phân lập được, sử dụng mồi MST2 .
62 chủng được nuôi cấy trên môi trường PDA trong 2 ngày, tách và tinh chế DNA như mô tả trong phần phương pháp. DNA sau khi tinh chế được sử dụng để làm khuôn cho phản ứng PCR với chu kỳ gia nhiệt đã nêu ở phần phương pháp. Sản phẩm được điện di trên agarose 1% trong TAE với hiệu điện thế 50V trong 80 phút.
Từ kết quả thể hiện ở phổ fingerprinting, ta thấy sản phẩm PCR nhân với mồi MST2 của các chủng nấm mốc có các phổ băng khác nhau và rất đa dạng do sự phân bố về số lượng bản sao cũng như vị trí của DNA vệ tinh trong genome. Các chủng có cùng một phổ băng sẽ thuộc cùng một loài, các chủng có phổ băng khác nhau có thể sẽ thuộc các loài khác nhau tùy theo mức độ khác biệt. Các chủng có cùng phổ băng sẽ được xếp cùng một nhóm. Chúng tôi đã chia 62 chủng nấm mốc thành 35 nhóm. Kết quả được thể hiện trong hình3.3.
Hình 3.3. Phổ fingerprinting của 35 chủng nấm mốc chịu pH thấp. Từ giếng 1-35 tương ứng với các chủng: L1-LPH 002, L2-LPH 005, L3-LPH 006, L4-LPH 007, L5-LPH 010, L6-LPH 014, L7-LPH 015, L8-LPH 018, L9-LPH 019, L10-LPH 021, L11-LPH 022, L12-LPH 024, L13-LPH 025, L14-LPH 026, L15-LPH 028, L16- LPH 031, L17-LPH 032, L18-LPH 033, L19-LPH 034, L20-LPH035, L21-LPH
040, L22-LPH 043, L23-LPH 044, L24-LPH 045, L25-LPH 047, L26-LPH 049, L27-LPH 050, L28-LPH 052, L29-LPH 055, L30-LPH 056, L31-LPH 057, L32- LPH 058, L33-LPH 059, L34-LPH 060, L35-LPH 061, M-Marker.