Phương pháp thẩm định giữ một vai trò quan trọng trong thẩm định dự án đầu tư. Vì vậy cần phải có phương pháp thẩm định phù hợp. Để có sự phù hợp đó trước hết ngân hàng cần phải đa dạng hóa phương pháp thẩm định. Một dự án có thể áp dụng nhiều phương pháp để tìm ra điểm yếu điểm mạnh của dự án. Tuy nhiên đôi lúc có những dự án việc lựa chọn quá nhiều phương pháp không cẩn thiết và quá rườm rà.
Với các dự án kinh tế kỹ thuật quan trọng thì ngân hàng nên kết hợp nhiều phương pháp thẩm định. Trong đó nên áp dụng phương pháp thẩm định so sánh đối chiếu các chỉ tiêu, bởi phương pháp này cho phép cán bộ thẩm định so sánh đối chiếu các chỉ tiêu tài chính cũng như các chỉ tiêu khác của dự án với các dự án khác cùng loại hoặc các dự án đang hoạt động. Ngân hàng có thể đối chiếu một số chỉ tiêu quan trọng như là: Các chỉ tiêu tổng hợp: cơ cấu vốn đầu tư, suất vốn đầu tư; các chỉ tiêu thể hiện hiệu quả của dự án đầu tư. Phương pháp này sẽ cho doanh nghiệp cái nhìn tổng quan về dự án. Kế đến ngân hàng cần kết hợp với cá phương pháp độ nhạy, triệt tiêu rủi ro để tìm ra hiệu quả dự án.
Đối với các dự án mới thuộc lĩnh vực mà ngân hàng chưa từng thẩm định, ngân hàng nên áp dụng phương pháp dự báo, điều tra để tiến hành phân tích cung cầu thị trường, đánh giá giá cả thiết bị công nghệ, nguyên liệu phục vụ dự án. Tuy nhiên khi dự báo các chỉ tiêu sẽ ảnh hưởng lớn tới kết quả thẩm định nên cán bộ thẩm định nên tham khảo ý kiến của chuyên gia.
Với các dự án quen thuộc, ngân hàng thẩm định theo trình tự đánh giá hiệu quả dự án và so sánh đối chiếu.
Tuy nhiên cho dù áp dụng nhiều phương pháp, nhưng thẩm định dự án không thể thiếu phân tích độ nhạy. Đây là phương pháp tuy tiến hành khó hơn các phương pháp khác nhưng lại là phương pháp hiệu quả nhất, khi phân tích những biến đổi của dự án. Trong những năm gần đây việc phân tích độ nhạy tại SeAbank luôn được chú trọng. Nhưng thực tế có rất nhiều sự biến động trong môi trường kinh tế mà SeAbank chưa dự báo được. Vì vậy công tác phân tích độ nhạy cần được quan tâm hơn nữa, phân tích sâu hơn, đa chiều hơn.
Do vậy, để hoàn thiện công tác thẩm định, đòi hỏi cán bộ thẩm định phải lựa chọn phương pháp chính xác, phù hợp với dự án để cho kết quả thẩm định tốt nhất.