tiến hành giải quyết tranh chấp. Các quyết định của ASEAN đều phải được thông qua trên cơ sở đồng thuận không thay đổi mà được áp dụng linh hoạt. Điều này cho thấy, việc đưa ra một bản Hiến chương với những quy định mạnh mẽ trên tất cả các lĩnh vực là rất không hiện thực trong thời điểm hiện nay.
ASEAN không thành lập cơ quan giải quyết tranh chấp chuyên trách như tòa công lí của Liên hợp quốc hoặc tòa liên minh Châu Âu mà cơ quan giải quyết tranh chấp là Hội đồng cấp cao. Hội đồng này không phải là cơ quan thường trực của ASEAN để giải quyết tranh chấp mà chỉ được thành lập và hoạt động khi tranh chấp xảy ra và các bên tranh chấp lựa chọn; nó cũng chấm dứt hoạt động khi các bên sử dụng một biện pháp hòa bình khác để giải quyết tranh chấp hoặc khi Hội đồng cấp cao đưa ra khuyến nghị và kết luận giải quyết tranh chấp đối với các bên. Mặt khác, quyết định của Hội đồng cấp cao chỉ mang tính khuyến nghị, các bên tranh chấp vẫn hoàn toàn có quyền lựa chọn một biện pháp giải quyết tranh chấp khác ngay cả khi đã có khuyến nghị được đưa ra, cho dù các khuyến nghị kết luận này là đúng đắn, hiệu quả thì nó vẫn có thể không được lựa chọn, áp dụng (điều này tùy thuộc vào ý chí của các bên tranh chấp). Bên tranh chấp mà theo quyết định là thua kiện sẽ cố tình lựa chọn một biện pháp khác sao cho có lợi nhất với mình để giải quyết tranh chấp. Với thẩm quyền hạn chế, Hội đồng cấp cao không thể đóng vai trò quyết định trong việc giải quyết triệt để các tranh chấp có khả năng ảnh hưởng đến hòa bình, an ninh khu vực và không thực sự tạo được niềm tin, thúc đẩy các quốc gia thành viên yêu cầu sự can thiệp của Hội đồng trong trường hợp có tranh chấp xảy ra [58]. Vì vậy, thực tế đến nay, chưa có một hội đồng cấp cao nào được thành lập và chưa có vụ tranh chấp nào được đưa ra xem xét và giải quyết tại Hội đồng cấp cao.
PDSM có hạn chế là đã không ghi nhận nguyên tắc đồng thuận nghịch trong quy trình ra quyết định của cơ chế giải quyết tranh chấp của WTO (theo nguyên tắc này báo cáo của ban hội thẩm hoặc cơ quan phúc thẩm thường trực sẽ được Đại hội đồng WTO thông qua gần như tự động, trừ phi tất cả các nước thành viên đều phủ quyết). Với nguyên tắc đa số của mình, SEOM hoặc AEM của ASEAN sẽ rất khó có thể ban hành phán quyết khi có những nước muốn cản trở quá trình này.
Tính linh hoạt trong việc cho phép các quốc gia thành viên có thể lựa chọn nhiều biện pháp để giải quyết tranh chấp chứ không bắt buộc thông qua các cơ quan của
ASEAN sẽ tạo điều kiện cho việc giải quyết nhanh chóng vấn đề, chẳng hạn như trong trường hợp các tranh cãi liên quan đến vấn đề thực tế và các vấn đề có thể xác định rõ ràng của các bên. Tuy nhiên, tính linh hoạt đôi khi có thể làm suy yếu thẩm quyền của các cơ quan giải quyết tranh chấp của ASEAN vì nó không phải là cơ chế độc quyền cho giải quyết tranh chấp phát sinh trong lĩnh vực kinh tế - thương mại.
Về mặt thực tiễn, mặc dù với các quy định và thủ tục về cơ bản là rất cụ thể, rõ ràng và chặt chẽ nhưng kể từ khi ra đời cho đến nay, cơ chế này rất ít được sử dụng, nếu các nước thành viên có sử dụng thì cũng chỉ dừng lại ở giai đoạn tham vấn. Mỗi khi có tranh chấp xảy ra là các nước thành viên tiến hành tham vấn, sau đó lại cùng nhau xây dựng thêm các cơ chế nhằm hạn chế việc vi phạm các hiệp định. Điều này lý giải tại sao cho đến nay, cơ chế này rất ít được các quốc gia thành viên sử dụng trong giải quyết tranh chấp. Điển hình cho thực tế này là sự kiện Việt Nam ban hành lệnh tạm ngừng nhập khẩu 12 mặt hàng vào tháng 5/1997 đã gây ra sự phản ứng của các nước thành viên khác [79] (vì trong thực tế hợp tác kinh tế, việc một quốc gia không thông báo kịp thời về việc áp dụng những hành động hoặc biện pháp như ngừng nhập khẩu, tăng thuế, áp đặt hạn ngạch, hàng rào kỹ thuật… thường làm phương hại hay đe dọa làm phương hại đến lợi ích của quốc gia thành viên khác) nhưng chỉ sau giai đoạn tham vấn, các nước ASEAN đã không đưa vụ việc ra giải quyết theo quy trình của PDSM khi Việt Nam đã bãi bỏ lệnh tạm ngừng nhập khẩu. Đồng thời, sự kiện này lại là tiền đề cho việc các nước thành viên khởi động xây dựng và ký kết Nghị định thư về thủ tục thông báo của ASEAN ngay sau đó.
Mặt khác, mô hình giải quyết tranh chấp kinh tế – thương mại của ASEAN là mô hình được mô phỏng gần như hoàn toàn và có một số thay đổi nên cơ chế giải quyết tranh chấp kinh tế - thương mại của ASEAN cũng mang những hạn chế mà WTO mắc phải cụ thể như: quy định về thời gian giải quyết tranh chấp quá dài, tổng thời gian giải quyết tranh chấp lên tới 445 ngày như vậy sẽ khiến cho tình trạng vi phạm pháp luật theo các hiệp định được kí kết trong khuôn khổ ASEAN sẽ bị duy trì, điều này có thể gây ra thiệt hại cho nước thành viên là bên bị vi phạm, cũng khiến cho các bên tốn kém về tài chính khi theo đuổi việc giải quyết tranh chấp.
Về vấn đề chi phí cho các cơ chế giải quyết tranh chấp trong lĩnh vực kinh tế thương mại, Nghị định thư về giải quyết tranh chấp 2010 cũng đã quy định về việc
thành lập Quỹ để trang trải chi phí với đóng góp ban đầu có giá trị như nhau của tất cả các quốc gia thành viên, sau khi đóng góp ban đầu như vậy, Nghị định thư quy định Quỹ sẽ được bổ sung bởi các bên tham gia tranh chấp (Quy định tại điều 17 Nghị định thư). Các chi phí này bao gồm các chi phí của các cơ quan bao gồm cả cơ quan Phúc thẩm và bất kỳ chi phí hành chính liên quan của Ban Thư ký ASEAN. Tất cả các chi phí khác phát sinh bởi bất kỳ bên nào, sẽ do bên đó chịu và không được chi trả bởi quỹ. Các cơ quan giải quyết tranh chấp sẽ phân bổ chi phí cho việc giải quyết tranh chấp cho các bên tham gia, chính vì vậy, đối với các nước thành viên với nền kinh tế còn lạc hậu và kém phát triển hơn, thì họ sẽ có xu hướng lựa chọn một cơ chế khác mà không thông qua các cơ quan của ASEAN khi mà chưa có bất kỳ hướng dẫn nào ở Nghị định thư về việc phân bổ chi phí này như thế nào. Chính vì vậy mà cơ chế giải quyết tranh chấp kinh tế thương mại của ASEAN từ khi ra đời cho đến nay được rất ít các quốc gia thành viên sử dụng.
Như vậy, cơ chế giải quyết tranh chấp của ASEAN chưa thực sự thiết lập một cơ chế giải quyết tranh chấp chung thống nhất và có lẽ để đạt được điều này, ASEAN vẫn cần phải có một sự nỗ lực không mệt mỏi để nâng cao tính hiệu quả của các cơ chế giải quyết tranh chấp của mình.