Nhà nước, với tư cách là chủ sở hữu, sử dụng những quyền năng của chủ sở hữu nhà nước để tác động vào doanh nghiệp nhằm đạt được mục tiêu đề ra. Có rất nhiều công cụ khác nhau được sử dụng trong quá trình quản lý của chủ sở hữu nhà nước. Theo OECD [85], công cụ cơ bản để chủ sở hữu nhà nước quản lý các DNNN chính là chính sách sở hữu rõ ràng, nhất quán, mang tính ổn định; quy trình đề cử HĐQT chặt chẽ và có tổ chức và thực hiện có hiệu quả các quyền của chủ sở hữu nhà nước. Luận án này tập trung vào một số công cụ chính sau:
(i) Chủ sở hữu nhà nước ban hành các quy định, chính sách sở hữu nhà nước; quy hoạch, chiến lược, kế hoạch, điều lệ tổ chức và hoạt động của doanh nghiệp, các thỏa thuận mục tiêu, các chỉ tiêu đánh giá… và công khai hoá những thông tin này.
Với tư cách là chủ sở hữu, nguyên tắc để nhà nước hành động như một chủ sở hữu hiệu quả là chủ sở hữu nhà nước phải xác định rõ mục tiêu tổng thể của chủ sở hữu nhà nước thông qua việc ban hành chính sách sở hữu chung và làm như thế nào để thực hiện chính sách sở hữu đó [85]. Căn cứ vào mục tiêu tổng thể, chủ thể sở hữu ban hành, thông qua quy hoạch, chiến lược và điều lệ tổ chức và hoạt động của từng DNNN. Ở nhiều nước, chủ sở hữu nhà nước đã ban hành chính sách sở hữu chung xác định các mục tiêu tồn tại của sở hữu nhà nước trong hoạt động sản xuất - kinh doanh; xác định mục tiêu dài hạn, mục tiêu ngắn hạn cho từng doanh nghiệp thông qua việc chủ sở hữu nhà nước phê duyệt điều lệ, kế hoạch kinh doanh hay thoả thuận mục tiêu, hợp đồng quản lý,…
Xác định các chỉ tiêu đo lường, đánh giá hiệu quả thực hiện các mục tiêu là một nội dung quan trọng trong chính sách sở hữu. DNNN ở nhiều nước có xu hướng xây dựng một bộ chỉ tiêu phi tài chính bởi vì các DNNN thường có cả mục tiêu kinh tế và mục tiêu chính sách (bao gồm dịch vụ công ích và các nhiệm vụ đặc biệt khác).
Các chỉ tiêu đo lường hiệu quả được đưa ra nhằm đo lường mức độ mục tiêu đạt được. OECD [86] khuyến nghị, các chỉ tiêu hiệu quả phải đảm bảo tính phù hợp (chỉ tiêu hiệu quả gắn chặt chẽ với chiến lược của DNNN được phản ánh thông qua các mục tiêu được vạch ra trong chiến lược), tính chính xác (chỉ tiêu hiệu quả phải có thể xác định rõ, định lượng và khách quan, có tính thực hành và đo lường kết quả hơn là đo lường đầu vào), đảm bảo độ tin cậy (chỉ tiêu hiệu quả không nên chỉ là giá trị danh nghĩa, thông tin do DNNN cung cấp cần được kiểm toán).
Để đo lường, đánh giá được các mục tiêu kinh tế, một số chỉ tiêu chính gồm tỷ suất lợi nhuận trên vốn, giá trị kinh tế tăng thêm (EVA), lợi nhuận hay cổ tức được chia hàng năm, giá cổ phiếu trên thị trường hay giá trị doanh nghiệp trên thị trường,… Trong đó, chỉ tiêu tỷ suất lợi nhuận trên vốn đầu tư là một chỉ tiêu quan trọng trong quản lý của chủ sở hữu nhà nước đối với DNNN, giúp chủ sở hữu xem xét, đánh giá xem khoản đầu tư có lợi nhuận hay không và tỷ suất lợi nhuận là điều kiện quan trọng để theo dõi và đánh giá sự đáp ứng kỳ vọng của chủ sở hữu.
Đối với các mục tiêu phi lợi nhuận, các chỉ tiêu chính được sử dụng là giá cả, chất lượng của hàng hoá, dịch vụ cung cấp; các khoản trợ cấp của nhà nước để thực hiện những nhiệm vụ công ích, chính trị - xã hội,…
Đo lường chi phí thực hiện các “nhiệm vụ đặc biệt” hay mục tiêu phi lợi nhuận là một trong những công cụ để chủ thể sở hữu quản lý được việc các DNNN có đạt được mục tiêu đề ra không. Một số phương pháp tính chi phí của các “nhiệm vụ đặc biệt” đã được các tổ chức nghiên cứu đề xuất. OECD [86] khuyến nghị sử dụng một số phương pháp tính những chi phí này như tính “chi phí cơ hội” của việc sử dụng các nguồn lực để thực hiện các nhiệm vụ này, hay tính “chi phí có thể tránh khỏi” (avoidable cost), hay chi phí cận biên và chuẩn mực có thể đạt được trong thực tế. Chủ thể sở hữu yêu cầu từng DNNN ước tính chi phí cho việc thực hiện từng nhiệm vụ, trong đó chỉ rõ phương pháp tính sử dụng và cung cấp đủ thông tin để minh chứng cho chi phí ước tính là đúng hoặc chủ thể sở hữu quy định phương pháp tính phí.
(ii) Chủ sở hữu nhà nước quản lý thông qua nhân sự chủ chốt trong DNNN (thông qua xây dựng quy trình bổ nhiệm HĐQT chặt chẽ và có tổ chức với những quy định cụ thể về kỹ năng, năng lực, kinh nghiệm kinh doanh,…)
(iii) Chủ sở hữu nhà nước quản lý thông qua thiết lập các hệ thống báo cáo và những yêu cầu về công khai minh bạch thông tin.